Так и получилось, что поиски нового пристанища затянулись у иоаннитского братства почти на восемь лет. Мессина и Чи-витта-Веккья, Виттербо и Ницца — таков был крестный путь ордена в поисках собственного спасения. В этих тяжелейших условиях, поставивших духовно-рыцарский союз на грань гибели, в их пользу действовала лишь их немалая военная слава, завоеванная в 1480 и 1522 годах. В глазах христианской Европы госпитальеры были героями, и число желающих вступить
в орден, даже несмотря на его трудности, нисколько не снизилось. Помог сохранению братства и высокий моральный авторитет Вивье де Л'Иль Адана, принять которого считалось честью для любого европейского монарха. И наконец, долгие поиски благополучно разрешились.
В 1530 году император Священной Римской Империи Карл V дарит госпитальерам в вечное ленное владение три небольших островка в центре Средиземного моря — Мальту, Гоцо и Комино. Великий магистр получает вместе с ленными правами светский титул князя под общим сюзеренитетом королевства Обеих Сицилии. Орден получает свою третью, после Святой Земли и Родоса, родину и с этого времени, вплоть до наших дней, носит название «Державный орден госпиталя св. Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты». В повседневном же обиходе он становится известен как Мальтий-ский орден.
Новоиспеченные мальтийские рыцари уже довольно скоро освоились на новом месте — пригодился родосский опыт — и доказали Карлу V, что его благородный дар ни в коем случае не был ошибкой. Уже в 1531 году госпитальеры принимают участие в военной экспедиции на Пелопоннес*, в 1535 году активно участвуют в крупном походе Карла, направленном на завоевание Туниса, а в 1541 году сполна расплачиваются с императором, спасая ему жизнь во время панического отступления испано-имперских войск (по совместительству Карл был еще и королем Испании) под напором алжирской армии. Но участием в многочисленных военных авантюрах Карла деятельность ордена не ограничивается. Большое внимание уделяется укреплению обороноспособности самой Мальты, строятся мощная крепость Сан-Анжело и могучий форт Сан-Эльмо, защищаемые батареями тяжелых артиллерийских орудий. В период деятельности великого магистра Жана де Ла Валлетта орден достигает вершины могущества и в то же время подвергается тяжелейшему испытанию.
В 1565 году все тот же Сулейман Великолепный направляет огромный флот на завоевание Мальты. Острием десантной армии является сорокатысячный корпус янычар — самой боеспособной части турецких войск. Против явно превосходящих сил мальтийцы смогли выставить около семисот рыцарей и восьми тысяч солдат. Однако Жан де Ла Валлетт показал себя достойным славы предшественников (да и сам он был ветераном осады 1522 года). Его разумное руководство, высокий боевой дух мальтийских рыцарей, к тому же активно поддерживаемых населением, сыграли свою решающую роль. После четырехмесячных бесплодных атак турки, потерявшие в непрерывных боях половину армии, вынуждены были покинуть Мальту. Велики были и потери иоаннитов: за время осады погибли двести сорок рыцарей и почти пять тысяч солдат. Но Мальта сумела отстоять свою независимость, а после смерти престарелого Сулеймана в 1566 году и особенно после тяжелого поражения турецкого флота в битве при Лепанто пятью годами позднее, опасность нового османского нашествия значительно уменьшилась. К тому же иоанниты никогда не забывали о постоянном укреплении своей твердыни.
После отражения турок началось строительство новой столицы — Ла-Валлетты, с первоклассной крепостью, была серьезно усилена фортификационная защита Гоцо и Комино. Сооружением новых укреплений орден занимался до последних дней своего пребывания на Мальте: форт Тинье был закончен в 1794 году.