В феврале 1229 г. Дамаск еще не был взят, Фридрих закончил восстановление яффских укреплений, а аль-Камил узнал, что Джелал ад-Дин собирается двинуться на владения Айюбидов. По совету Факр ад-Дина Фридрих еще раз отправил Томмазо Ацеррского и Балиана Гарнье Сидонского к аль-Камилу. 11 февраля они привезли окончательные мирные условия султана, с которыми Фридрих согласился. 18 февраля в Яффе императором и представителями султана Факр ад-Дином и Салах ад-Дином Арбельским был подписан мирный договор на 10 лет по христианскому солнечному календарю и на 10 лет 5 месяцев и 40 дней по мусульманскому лунному. Свидетелями выступили магистр Тевтонского ордена и епископы Эксетера и Винчестера. Христиане получали Иерусалим, укрепления которого были срыты аль-Муаззамом в 1219 г., Вифлеем, Назарет, коридор между Яффой и Иерусалимом, включавший в себя Лидду, западную Галилею с Тороном и Монфором и Сидон у моря с прилегавшей местностью. В остальном сохранялось существующее положение. В Иерусалиме за мусульманами под управлением кади осталась Храмовая гора с двумя мусульманскими святынями, мечетями Купол над Скалой и аль-Акса. В качестве личной уступки султана императору христианам было разрешено восстановить стены Иерусалима. Пленные с обеих сторон должны были быть освобождены. После того как патриарх отказался одобрить договор, Фридрих не включил в него многочисленные церковные владения в окрестностях Иерусалима, захваченные мусульманами. Затаивший зло на Боэмунда IV за его бегство, император также не включил в договор владения князя, Триполи и Антиохию.
Отлученный от церкви император смог без войны получить то, чего христиане с оружием в руках не могли добиться с 1187 г. Папе в борьбе с Фридрихом был нанесен жестокий удар, чрезвычайно повысился престиж императора перед христианским миром. В то же время, у аль-Камила были теперь развязаны руки для овладения Дамаском и отпора хорезмийцам.
С обеих сторон договор подвергся яростному осуждению. В Дамаске ан-Насир Дауд объявил траур из-за измены аль-Камила исламу. Собственные имамы осудили аль-Камила, не принимая во внимание его объяснений. С христианской стороны папа не признал поход императора крестовым и не снял с него отлучение, как того ожидал Фридрих. Как папа, так и патриарх прокляли договор. Патриарху Жеро мешал мусульманский анклав в центре Иерусалима, тамплиеры, госпитальеры и местные бароны указывали, что без замков Трансиордании и при наличии лишь узкой связывающей полоски земли Иерусалим невозможно будет оборонять. Сильное раздражение у баронов Заморья вызвало решение Фридриха посетить Иерусалим и короноваться там королевской короной, не имея на нее прав, так как он был только регентом и отцом короля. Патриарх даже отправил в Иерусалим Петра, архиепископа Цезареи, чтобы наложить на город интердикт (запрещение церковных служб), когда император туда прибудет, но архиепископ опоздал на день.
17 марта император въехал в Иерусалим, его сопровождали германские и итальянские войска, рыцари-тевтоны во главе с магистром, магистр госпитальеров и прецептор тамплиеров и только немногие из местных баронов. Из духовенства были только сицилийские епископы Фридриха и епископы Винчестера и Эксетера. Шаме ад-Дин, кади Наблуса, вручил ему ключи от города. Фридрих остановился в Госпитале Святого Иоанна, вблизи церкви Гроба Господня. На следующий день, в воскресенье, 18 марта, Фридрих присутствовал на мессе в церкви Гроба Господня, а затем без обряда коронования и богослужения возложил на себя золотую королевскую корону. Герман фон Зальца сначала на немецком, а затем на французском языке прочел хвалебную речь в честь императора и его политики, а отлучение оправдывал примирительными словами: «Папа Григорий не мог иначе избежать злых людских толков». Затем в Госпитале Фридрих собрал Коронный совет, на котором присутствовали все видные лица из сопровождавших его. Фридрих распорядился возвести укрепления вокруг города, начав восстановительные работы с цитадели, в которую была включена Башня Давида, и ворот Святого Стефана, и передал тевтонам королевскую резиденцию вблизи от Башни Давида.
В день коронации Фридрих издал манифест к народам земли. В нем император возвышал себя до ангелоподобного положения между Богом и людьми, Бог вложил в него все, что он сделал. Он сравнил себя с израильско-иудейским царем Давидом. В средневековом представлении Давид был царем и пророком, прародителем и предвестником Христа, к которому он иногда приравнивался. Цитируя Евангелие (Лк 1:68-69), император писал в манифесте: «Должны признать отныне приверженцы правой веры и должны возвестить это по всему миру везде и повсюду, что Тот Бог, Кто дан нам на все времена, посетил нас и сотворил избавление народу своему и воздвиг нам рог2
спасения в доме Давида, отрока своего в Иерусалиме».