Затем император выразил желание посетить Храмовую гору, святые места мусульман. Увидев в мечети Купол над Скалой надпись под куполом, выполненную по приказу Салах ад-Дина в честь очищения мечети от многобожников, император мило улыбнулся: «Ну откуда здесь взяться многобожникам?» Узнав, что кованые решетки на окнах поставлены, чтобы не пускать в мечеть воробьев, император заметил: «Они не уберегли вас от свиней, посланных Богом», имея в виду христиан.
Внешность Фридриха не произвела на мусульман впечатления. Император был рыжим, лысоватым, среднего роста, склонным к полноте и близоруким; как заметил один из эмиров, на рынке рабов за него не дали бы и 20 дирхемов. Со своим другом, просвещенным Факр ад-Дином, Фридрих часто беседовал на философские темы, султан аль-Камил, близкий императору по образу мыслей, относился к нему с симпатией. Аль-Камил и Факр ад-Дин видели его интерес к арабской науке, он представлялся им человеком без религии. Однако верующие мусульмане и христиане смотрели на эту близость неодобрительно, язвительные шутки императора над христианством и комплименты исламу вызывали у них подозрение.
В понедельник, 19 марта, в Иерусалим прибыл Петр, архиепископ Цезареи, чтобы наложить на город интердикт патриарха. Оскорбленный император приказал прекратить все работы по восстановлению городских укреплений, собрал своих людей и двинулся с ними через Яффу в Акру, куда прибыл 23 марта. В Акре его встретило всеобщее недовольство. Бароны были возмущены тем, что он короновался, не имея на это прав, и заключил договор с аль-Камилом без их согласия. Венецианцы и генуэзцы были недовольны привилегиями, которые император предоставил пизанцам, своим верным союзникам в Италии. Фридрих навел порядок в городе вооруженной рукой, поставил стражу и отряды арбалетчиков у дворца патриарха, у Тампля (Храма) — штаб-квартиры тамплиеров и у городских ворот. Фридрих приказал выпускать из города тамплиеров и стрелять по ним, если они захотят возвратиться. Он хотел арестовать Жана д'Ибелена и Пьера де Монтегю, магистра тамплиеров, но не рискнул, так как это привело бы к настоящей войне, для которой у него не было достаточно сил. Кроме того, императору нужно было срочно возвращаться в Италию, где его бывший тесть Иоанн де Бриенн во главе папских войск вторгся в его владения.
Фридрих назначил бальи королевства Балиана Гарнье Сидонского и Гарнье Немца, Одо де Монбельяр стал коннетаблем королевства. Все трое были людьми умеренных взглядов, поддерживавшими хорошие отношения с обеими партиями. Затем Фридрих отправился на Кипр. Кипрский хронист сообщает: «Он уехал позорно. Тайно подготовив свой отъезд, он 1 мая, еще до рассвета, никого не известив, направился к своей галере, стоявшей напротив скотобойни. Но случилось так, что мясники с ближних улиц стали его преследовать и по-хамски забрасывать требухой и потрохами. Сеньор Бейрута Жан д'Ибелен и мессир Одо де Монбельяр услышали шум, прибежали на место и разогнали или арестовали тех мужчин и женщин, которые набросились на императора, а ему, взошедшему уже на галеру, крикнули, что препоручают его Господу Богу. Император им в ответ что-то тихо сказал, но не знаю, хорошее или дурное… Так император и уехал из Акры, поносимый, проклинаемый и ненавидимый». «Да будет угодно Богу, чтобы он никогда сюда не возвратился», — сказал ему вослед патриарх. Богу было угодно.
На Кипре Фридрих пробыл десять дней. Он утвердил Амери Барле и четырех его друзей — Гюга де Жибле, Амори Бейсанского, Гавена де Шеньи и Гийома де Риве — бальи острова и передал им короля. Он договорился о бракосочетании 12-летнего короля Генриха Кипрского с Алисой Монферратской, дочерью своего верного сторонника в Италии. Затем он отправился домой и 10 июня 1229 г. высадился в Бриндизи.
В Акре в 1230 г. при решающем участии Петра де Ла Роша, епископа Винчестерского, госпиталь Святого Томаса Акрского (Кентерберийского) был милитаризован и превращен в рыцарский орден.
В Италии положение Фридриха было тяжелым. Папа объявил, что освобождает подданных Фридриха от присяги ему, в южную Италию двинулась папская армия во главе с Иоанном де Бриенном и двумя кардиналами. Внезапное возвращение Фридриха прогремело как гром среди ясного неба. Уже осенью Фридрих разгромил не очень храбрую папскую армию. Папа, будучи не в силах продолжать борьбу, был вынужден вступить в переговоры, проходившие при посредничестве Германа фон Зальца. Летом 1230 г. в Сан-Джермано был заключен мир, с императора было снято отлучение. «Ученик Мухаммеда» стал снова «любимым сыном церкви». Хотя внешне Фридрих склонился перед папой, по сути дела он был победителем. Его могущество простерлось над Италией и Германией. Он получил власть над Сицилией и в следующем году упрочил в королевстве централизованную власть, обнародовав в Мельфи конституцию. Он заключил дружественные и торговые договоры с аль-Камилом, а также с эмирами Марокко и Туниса. Торговля с Азией и Африкой принесла императору большие богатства.