Прибыв в Триполи, Заккария предложил коммуне подписать договор, обеспечивавший Генуе значительные привилегии в городе, включение в генуэзский квартал многочисленных улиц и его самоуправление. Горожане Триполи начали спрашивать себя, не поторопились ли они, предпочтя Геную Люсии. Масла в огонь подлил бургомистр Бартелеми Эмбриако, захотевший стать графом Триполи. Он уже получил власть над Жибле, выдав свою дочь за их дальнего родственника Пьера де Жибле, сына Ги II Бартелеми отправил посланцев в Каир, чтобы выяснить, поддержит ли его султан, если он себя провозгласит графом. Тогда коммуна втайне от бургомистра и генуэзцев написала Люсии в Акру, что признает ее, если она подтвердит права коммуны. Люсия известила об этом генуэзского адмирала Заккарию, который находился в Айясе, где заключал торговый договор с королем Армении. Адмирал поспешил в Акру, Люсия подтведила ему привилегии как коммуны, так и Генуи и была признана графиней. Эту новость враждебно восприняли как венецианцы и пизанцы, так и бургомистр Бартелеми. Кто-то из них отправил гонцов к Калауну просить султана вмешаться. Султана известили, что, если Триполи попадет в руки Генуи, та при помощи флота овладеет всей торговлей на Ближнем Востоке.
Для султана это был долгожданный повод нарушить договор с Триполи о не нападении. В феврале 1289 г. он собрал большую армию для захвата Триполи. Один из его эмиров, Бекташ аль-Факри, состоявший на жаловании у магистра тамплиеров, немедленно сообщил об этом Гийому де Боже, а тот предупредил Триполи. Однако горожане посчитали это обычной политической интригой магистра и не поверили ему, но, когда армия султана из Дамаска 17 марта 1289 г. осадила Триполи, угроза стала очевидной. Люсия была признана графиней со всей полнотой власти. Из Акры на помощь были присланы отряды тамплиеров и госпитальеров во главе с командором тамплиеров Акры Пьером де Монкада и маршалами тамплиеров и госпитальеров, Жофруа де Вандаком и Матье де Клермоном, из Кипра на четырех галерах с отрядом прибыл брат короля Генриха Амори, коннетабль королевства Иерусалим, в гавани находились несколько венецианских, пизанских и генуэзских галер.
Триполи лежал у моря, часть его занимал выходящий в море выступ. Со стороны материка город прикрывал замок Мон-Пелерен. Франки отдали его без боя. Сам Триполи оборонялся более стойко. Однако если франкам понадобилось около шести лет, чтобы овладеть городом, то Калаун потратил на это месяц с небольшим. Под прикрытием подавляющего огня стрелков («двадцать сарацинских лучников целились в одного нашего») Калаун подвел к стенам большие камнеметательные машины. Первой не выдержала обстрела старая башня Епископа на юго-востоке и «развалилась на куски». Затем была пробита новая башня Госпитальеров на юге, между башней Епископа и морем. После этого, испугавшись, погрузились на корабли венецианцы и пизанцы, за ними последовали генуэзцы. Их ночной уход поверг защитников в панику, а утром 26 апреля 1289 г. султан предпринял общий штурм. Мамлюки ворвались в город через разрушенную башню Епископа.
Жители Триполи в панике старались пробиться к кораблям на пристани. Графиня Люсия с маршалами обоих орденов отплыла на Кипр, Пьер де Мошсада и Бартелеми Эмбриако погибли в бою, начальник тамплиеров Триполи Редкер был взят в плен. Мусульмане убивали без разбора всех мужчин, женщин и детей уводили в рабство. Некоторое количество жителей на лодках перебралось на небольшой остров Святого Тома у города, однако им спастись не удалось, мусульманская конница вплавь добралась до них и всех перерезала. Калаун, как обычно, приказал полностью разрушить город и перенести его за несколько километров вглубь, к замку Мон-Пелерен. Затем мусульмане двинулись на юг и без боя овладели замками Ботрун и Нефен. Пьер де Жибле Эмбриако принес вассальную присягу султану, и ему было разрешено удерживать город Жибле еще в течение десятка лет.