По дороге домой в Константинополь Иоанн наказал Рум-Сельджукида Масуда за нападение на Киликию и получил от него богатый выкуп. В 1139–1140 гг. Иоанн вел войну с эмиром Данишмендидом Мухаммедом II, более опасным врагом, который, пока император пребывал в Сирии, захватил всю Вифинию до реки Сангари. Летом 1139 г. Иоанн изгнал Данишмендида из Вифинии и Пафлагонии, осенью двинулся на восток, вдоль берега Черного моря, и целый год осаждал Никсар, неприступную крепость Данишмендидов в горах. Армия понесла значительные потери, в довершение бед изменил племянник императора Иоанн, сын его брата Исаака. Он принял ислам и женился на дочери Рум-Сельджукида Масуда. Османские султаны впоследствии заявляли, что будто бы ведут свое происхождение от него. Родным братом ренегата Иоанна был будущий император Андроник I. Осенью 1140 г. Иоанн увел армию домой, намереваясь вернуться на следующий год. Однако в следующем году умер эмир Данишмендид Мухаммед II и началась война между его наследниками, что позволило императору заняться другими делами.
Тем временем в Сирии Зенги за 1137 г. отбил у Раймунда все, что им было отдано императору, весной он отвоевал Кафартаб, а осенью — Маарру, Биззу и Атареб. В следующие четыре года Зенги был полностью занят войной с Дамаском, которая, однако, не привела к падению города. Франки вели себя пассивно и не воспользовались представившейся ситуацией. Раймунд и наместник Зенги в Алеппо Савар обменивались набегами на вражескую территорию, но до решительного сражения дело у них не доходило. Жослен бездельничал в Эдессе, раздоры мусульманских правителей возле его границ после смерти Данишмендида Мухаммеда предоставили ему такую возможность. Иоанн внимательно следил за положением дел в Сирии и укреплялся в мысли овладеть Антиохией и подчинить Эдессу.
Одна из причин пассивности Раймунда заключалась в нехватке людских сил, другая — в раздорах с патриархом Раулем. Отношения у них расстроились окончательно. Раймунд и не думал, конечно, выполнять свою клятву подчиниться патриарху, его раздражали его тщеславие и самонадеянность. Неприятный характер Рауля обеспечил князю союзников против него в лице подчиненных патриарха, и среди них членов капитула кафедрального собора — архидиакона Ламбера и каноника Арнульфа из Калабрии. При поддержке Раймунда они отправились в Рим принести жалобу папе на неправильные выборы Рауля. По дороге в Рим Арнульф, по рождению подданный короля Рожера II, нажаловался тому на то, что Рауль передал Раймунду антиохийский трон, предназначенный сицилийцу. Раулю ничего не оставалось как самому ехать в Рим, чтобы оправдаться перед папой. В Южной Италии он был арестован Рожером, однако, благодаря своему красноречию и привлекательным манерам, сумел оправдаться и был отпущен в Рим. В Риме его красноречие и подарки одержали вторую победу. Он сложил свою мантию архиепископа на алтарь собора Святого Петра и получил ее от папы обратно, то есть понтифик подтвердил его право на патриарший престол. На обратном пути его с почетом встретил король Рожер. Однако по прибытии в Антиохию духовенство, побуждаемое Раймундом, отказалось принести ему обычные почести — выйти навстречу к городским воротам. Разгневанный и обиженный Рауль удалился в монастырь Святого Симеона. Вскоре Жослен, никогда не упускавший возможности досадить Раймунду, пригласил его в Эдессу с официальным визитом и торжественно принял его как духовного главу. Теперь Раймунд счел для себя более безопасным пригласить его обратно в Антиохию, где ему была оказана почетная встреча.
Однако тихая война князя и патриарха на этом не закончилась. По новым жалобам Раймунда и недовольного духовенства против Рауля в Риме было предпринято новое расследование. После смерти в Акре весной 1139 г. по дороге в Антиохию после посещения Святых мест первого проверяющего, престарелого легата-архиепископа Петра из Лиона, из Рима был послан второй легат — Альбер, кардинал-епископ Остии. По его прибытии осенью 1139 г. в Антиохии в кафедральном соборе Святого Петра был созван синод, на который съехались все прелаты латинского Востока, включая патриарха Иерусалима. Почти весь синод оказался на стороне князя и недовольного патриархом духовенства. Рауль отказался прибыть на заседания. Единственный его сторонник, архиепископ Серлон Апамейский, был исключен из состава синода. Когда после трех официальных вызовов Рауль отказался явиться, чтобы ответить на выдвинутые обвинения, он был объявлен смещенным. На место патриарха был выбран старшина капитула Амори (Аймар) из Лиможа, человек энергичный, хотя и малограмотный, недруг Рауля и приятель князя. Рауль бежал из тюрьмы, куда был посажен Раймундом, прибыл в Рим и вновь добился благосклонности папы и кардиналов, однако умер в 1142 г., возможно, как говорили, отравленный, так и не дождавшись своего восстановления в должности. Раймунд обеспечил себе, таким образом, полную поддержку антиохийской церкви.