В первую минуту Москва так испугалась неминуемой, казалось, потери Украины, что московскому главнокомандующему, князю Трубецкому, было дано полномочие – просто переписать гадячские статьи на царское имя, если Выговский согласится. Но Москва напрасно беспокоилась: если царские воеводы не хотели покончить с «своевольниками», дабы не нарушать необходимого для них на Украине неустойчивого равновесия, всегда дававшего повод для московского вмешательства, то поляки не могли этого сделать. Занятые в это время войной на других театрах, они не в состоянии были предоставить в распоряжение Выговского более 1500 человек коронного войска.
С москвичами преемник Хмельницкого справился только при классической помощи татар, лишний раз оправдав поговорку: «За кого хан, тот и пан». Крымцы уничтожили московское войско (под Конотопом, весной 1659 года), но оставить их в стране для «поддержания порядка» не пришло бы в голову самым жадным до шляхетского звания казакам. А между тем без жандарма они обходиться уже не могли. «Благоразумнейшие из старшин казацких молят Бога, чтобы кто-нибудь или ваша королевская милость, или царь взял их в крепкие руки и не допускал грубую чернь до такого своеволия», – писал польскому королю его генерал, начальствовавший небольшим коронным войском на Украине.
Пришлось обратиться опять к Москве, и Выговский уступил булаву сыну Хмельницкого Юрию. Условия, предъявленные Москве при этом случае казацкой старшиною, представляют собой последнюю попытку отстоять казацкую автономию, как понималась она при отце нового гетмана. Мы опять видим перед собой казацкое государство, самостоятельно сносящееся с иными странами, только с ведома своего союзника и покровителя; опять находим просьбу, чтобы царских воевод на Украине не было, разве в одном Киеве.
В 1659 году выяснились и кое-какие новые пункты, о которых при Хмельницком еще не думали. Царь русский и православный, принявший под свою высокую руку Украину, именно ради того, чтобы там не терпела больших обид православная вера (это была официальная мотивировка войны с поляками), должен бы, казалось, иметь в малороссийском православном духовенстве своих ревностнейших слуг, главную опору своего влияния. На деле, как только зашла речь о присяге московскому государю украинцев, первые, кто от этого уклонился, были шляхта и дворовые люди митрополита киевского.
Сам митрополит, хотя и признавал свою обязанность «за государево многолетнее здоровье Бога молить», одобрял, однако же, поведение своего вассалитета в вопросе о присяге и упорно избегал личного свидания с представителем московского царя. Такое начало не обещало ничего доброго. И действительно, довольно скоро в Москве узнали, что киевский митрополит и остальное высшее украинское духовенство присылали к Яну Казимиру тайно двоих монахов «с объявлением, что им (митрополиту и другим малорусским архиереям) быть с московскими людьми в союзе невозможно, и они этого никогда не желали; Москва хочет их перекрещивать: так чтобы король, собравши войско, высвобождал их, а они из Киева московских людей выбьют и будут под королевской рукой по-прежнему». Московские люди, в свою очередь, не оставались в долгу, и первый же московский комендант Киева начал с того, что отобрал часть земли у митрополита и различных киевских монастырей для постройки на этой земле укреплений.
Хмельницкому приходилось в одно и то же время искоренять крамолу среди украинского духовенства и защищать это духовенство от слишком круто наступавших на него московских порядков. Приходилось рядом с автономией войска запорожского ставить автономию украинской церкви. Это и выполняли статьи, предъявленные казацкими полковниками князю Трубецкому в Переяславле в октябре 1659 года; малороссийское духовенство должно было остаться таким же выборным, как и казацкая старшина, а в духовном отношении зависеть от патриарха не московского, а константинопольского, к которому привыкли и с которым знали, как ладить. Но единого казачества уже давно не существовало, это и в Москве отлично знали, да этого и старшина в своих пунктах не умела скрыть. Она сама признавалась, как плоха у нее дома дисциплина, прося, чтобы царь не принимал челобитий из Украины иначе, как через гетмана или его представителя, и чтобы он прислал в распоряжение гетмана московское войско.