В случае необходимости советское командование в течение суток могло ввести в бой в районе Пятиозёрья до восьми дивизий. В этих условиях продолжение наступления становилось весьма опасным. Как дипломатично заметил впоследствии в своих мемуарах командующий 11-й армией Манштейн,
Решив прекратить наступление и временно перейти к обороне, немецкое командование, как оно часто поступало в подобных случаях, решило улучшить конфигурацию своих позиций.
Глубокий выступ в центральной части Пятиозёрья был более опасен для наступающих, нежели для обороняющихся. Находящиеся в нем немецкие части могли быть отрезаны от своих основных сил внезапным ударом из района Карповой Балки на Тихоновку или даже на Пятихатку и Будановку.
Учитывая это, немецкое командование сочло за лучшее выпрямить фронт. Как докладывали 2 октября штабы 51-й армии и Черноморского флота,
На Ишуньском перешейке противник также отвел свои части к северу, и наша разведка, проникшая на участок № 5 и в село Карт-Казак, «
3 октября командующий ЧФ, оценивая обстановку на Ишуньском перешейке, доложил заместителю народного комиссара ВМФ вице-адмиралу Левченко, что в этом районе враг никакой активности в течение последних суток не проявлял, никакого сосредоточения его сил не обнаружено. Противником производится лишь тщательная разведка и изучение обстановки. В своем докладе Октябрьский отметил, что
Предоставившейся передышкой, длительности которой себе, естественно, никто не представлял, действительно тут же воспользовались. За 2 и 3 октября транспортами и кораблями Черноморского флота с Кавказа для 51-й армии было доставлено 16 713 человек с личным оружием и 128 разных орудий. В это же время из Одессы начали перебрасываться в Крым части свежей 157-й СД, почти не принимавшей участие в боях и не понесшей значительных потерь.
Наступившее затишье вселило оптимизм в Верховного Главнокомандующего. Сложившееся положение через пару дней уже не казалось ему таким критическим, как 30 сентября, когда принималось решение об эвакуации Одессы.
5 октября Сталин приказал наркому Военно-морского флота Кузнецову запросить мнение Военного совета ЧФ о целесообразности оставления в Одессе части войск в составе двух дивизий,
На это Военный совет ЧФ доложил Кузнецову, что одесские дивизии неполноценны и малочисленны, двумя такими дивизиями фронт не удержать, что первое же крепкое наступление закончится прорывом фронта, а это при отсутствии резервов может привести к катастрофе. Одновременно Военный совет отметил, что все одесские дивизии крайне нужны для обороны Крыма. Доставленные в последние дни на полуостров пополнения и подкрепления, в том числе и переброска из Одессы в Крым 157-й стрелковой дивизии, только восполнили потери 51-й армии, которые она понесла в пятидневном бою за Перекоп.
При этом войска армии еще не обрели достаточной пробивной способности. Несмотря на то что противник на Перекопском перешейке за последние три дня активных действий не проводил, 51-я армия не смогла восстановить утраченных позиций. Она была слабо вооружена, а сформированные крымские дивизии совсем не вооружены. Предполагалось довооружить их за счет Одессы. В тот же день Кузнецов сообщил Сталину, что эвакуацию Одессы необходимо проводить полностью в соответствии с принятым решением.
Недолгие бои в Пятиозёрье закончились, едва успев начаться. Они оказались значительно более успешными для 51-й армии, нежели бои на Перекопе. Немецкие дивизии не смогли преодолеть даже передовую линию слабоукрепленных Ишуньских позиций. Советское командование получило второй шанс удержать Крым. Теперь все зависело от того, сумеет ли оно этим шансом воспользоваться.
Затишье (3–14 октября)