Прекращение боев в Пятиозёрье было немедленно использовано советским командованием для усиленного возведения новых оборонительных рубежей. Уже 3 октября Генеральный штаб направил командующему 51-й отдельной армией директиву № УР/376 о строительстве таковых.
Она предписывала форсировать строительство второго оборонительного рубежа на фронте Новый Букеш — Томашевка — Воинка и далее по реке Чатырлык. Строительство надлежало вести ВПС с привлечением местного населения.
На линии рубежа совхоз Тузлы — Шейх-Эли — высота 27,7 — Менгермен немецкий — Саргил — Тайган — Ени-Крымчак — Андреевка — Камбары — Ашага-Джамин — Саки надлежало немедленно приступить к рекогносцировкам и строительству третьего, тылового оборонительного рубежа. Также планировалось создать ряд заградительных перемычек на Арабатской стрелке в районах хуторов Валок, Семененко, Рожкова, Арабат.
Для руководства всеми этими работами планировалось дополнительно развернуть одно управление армейского военно-полевого строительства, после чего создать шесть СТАПРО.
Для ускорения хода рекогносцировок и строительства третьего тылового оборонительного рубежа разрешалось мобилизовать необходимое количество грузовых и легковых автомашин, гужтранспорта, тракторов; привлечь к строительным работам местное население. Военному совету 51-й отдельной армии также разрешалось производить порубку леса и изъятие местных стройматериалов в количествах, необходимых для строительства.
Начальнику ГВИУ КА надлежало обеспечить строительство рубежа финансированием, а также необходимым инструментом, взрывчатыми веществами и др. Проведение рекогносцировок предполагалось закончить 10 октября. Срок готовности для создания батальонных районов первого рубежа обороны был установлен 17 октября (ЦАМО, ф. 48а, оп. 3408, д.15, л. 505–506).
В первые дни после прекращения немецкого наступления подобные оборонительные меры представлялись достаточными, тем более что после прибытия Одесских дивизий предполагалось, что армия получит возможности для нанесения контрударов по противнику.
Но обстановка на Южном фронте продолжала ухудшаться. К 9 октября противник захватил почти все северо-западное побережье Азовского моря, и советское командование снова стало подозревать, что у немцев может хватить сил для захвата Крыма.
Вместе с тем многие военные инженеры считали предложенный рубеж через степную часть Крыма очень невыгодным для обороны, особенно против немецких войск, заметно превосходящих части 51-й армии по маневренности.
В связи с этим Ставка опять засомневалась в надежности возводимых оборонительных рубежей и решила несколько подстраховаться. 9 октября командующий 51-й армией получил директиву, в которой указывалось:
Оборонительные работы надлежало развернуть уже и в горных проходах Старый Крым, Карасубазар, Шумхай, Бахчисарай, которые вместе с районами Симферополя и Ак-Монайских позиций теперь рассматривались как «
Теперь этот просто-таки циклопический по масштабам Крымского оборонительного строительства рубеж уже назывался не тыловым, а основным.
Несмотря на трудности с выделением рабочей силы и получением позиционного имущества, которые признавала сама Ставка, к возведению рубежа приказывалось приступить немедленно.
При этом оборонительные планы оставались в целом такими же, как и до прорыва противника через Перекоп, а войска, оборонявшие Крым, по-прежнему были разделены на три части: оперативную группу Батова, 9-й стрелковый корпус и Приморскую группу.
Оперативная группа Батова — единственное из Крымских войсковых объединений, ведущее борьбу с врагом, — обороняла Ишуньский перешеек при поддержке части дивизий 9-го СК. По прибытии частей Приморской армии в нее должны были влиться 157-я и 95-я стрелковые дивизии. По сути, оперативная группа уже потеряла свое значение, так как больше не являлась средством нанесения возможных контрударов, а предназначалась для обороны Ишуньского перешейка. Планировавшееся усиление ее двумя дивизиями из состава Приморской армии не могло изменить ситуации, так как в этом случае 172-ю СД собирались передать в резерв командующего армией.