Полнокровная 157-я СД, наиболее боеспособная из всего состава Приморской армии, должна была сменить в Пятиозёрье слабую 156-ю СД, а сама 156-я дивизия должна была заменить на реке Ча-тырлык выводящуюся в резерв командарма 172-ю. Другая дивизия Примармии, 95-я, предназначалась для нанесения контрудара в случае прорыва противника. Боеспособность дивизий Приморской армии и во время подготовки к защите Ишуньских позиций, и во время начавшихся боев сильно переоценивалась командующим 51-й армией Кузнецовым, не учитывавшим, что большая часть ее артиллерии потеряна во время эвакуации из Одессы.
Как писал впоследствии командующий Приморской армией генерал-майор Петров в докладной записке Центральному Комитету партии,
Сам 9-й корпус имел задачу оборонять участок от Биюк-Кучу до Уржина, прикрывая главным образом Чонгарский перешеек. Сил для выполнения этой задачи у него было достаточно. Однако командование армии решило усилить его 25-й дивизией Прим-армии для нанесения контрудара в случае прорыва противника на участке корпуса.
Третьим объединением, в которое включили и конную группу Аверкина, теперь являлась дополнительно созданная Приморская группа, состоявшая из двух стрелковых и двух кавалерийских дивизий. В задачу группы входило оборонять северо-восточное побережье Азовского моря, Чонгарский полуостров и северную оконечность Арабатской стрелки.
Группа должна была не допустить высадки десантов противника с воздуха и с моря. Неодолимый призрак десантной угрозы по-прежнему довлел над командованием армии. Все дивизии, находившиеся в районе перешейков, должны были иметь по батальону, усиленному минометами, в постоянной готовности выступить на ликвидацию десантов врага.
Армейский резерв должен был состоять из трех дивизий, разбросанных по разным частям Крыма. 184-я стрелковая дивизия должна была, находясь в резерве, прикрывать южный берег Крыма, а 172-я, передававшаяся в него после прибытия Приморской армии, должна была выводиться в район Евпатории. 421-я дивизия Приморской армии должна была развернуться в районе Симферополя и Карасубазара. Единый кулак, необходимый для нанесения мощного контрудара, способного остановить наступление хотя бы одного армейского корпуса противника, опять не был создан (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л.158–161).
Подобная конфигурация обороны Ишуньского перешейка была несколько лучше существовавшей, однако не придавала обороне необходимой прочности. Даже если бы у командования 51-й армии хватило времени для осуществления намеченных изменений, они не смогли бы изменить ход немецкого наступления. Остановить наступление двух корпусов 11-й армии Манштейна советское командование могло только в случае сосредоточения большей части своих сил в северной части Крыма.
Оборона Ишуньского перешейка по-прежнему была недостаточной, а оборона правого фланга армии и Южной части Крыма — избыточной. Две стрелковые дивизии (276-я и 320-я) Приморской группы были явно лишними в ее составе. Для защиты от вражеских десантов побережья и степной части Крыма, которые прикрывались еще и истребительными батальонами, вполне хватило бы и конной группы Аверкина. 9-й корпус также мог выполнить свои задачи по прикрытию правого фланга армии меньшим количеством дивизий — для этой цели хватило бы и тех двух, которыми он реально располагал после окончания боев на Перекопе. Таким образом, командование 51-й армии, не ослабляя обороны полуострова, могло ввести в бой на северном направлении еще 6–7 стрелковых дивизий, которых так не хватило во время начавшихся через несколько дней боев в Пятиозёрье.
Несмотря на то что планировавшиеся штабом 51-й армии изменения не могли улучшить ситуацию в Крыму, хотя для этого имелись все возможности, — даже они не были проведены в жизнь, так как немецкое командование сумело подготовиться ко второй битве за Крым быстрее, чем советское.