11 (23) июня после ампутации правой ноги генерал Шильдер умер. Это был тяжелый удар для русской армии. «Потеря Шильдера, — писал император Горчакову, — меня крайне огорчила; такого второго не будет, и по знанию, и по храбрости». Впрочем, судьба кампании за Дунаем была уже решена. При отсутствии возможности движения за Балканы, Паскевич считал взятие Силистрии абсолютно бесполезным. Еще 1 (13) июня он получил условное согласие императора на снятие осады и в тот же день приказал М. Д. Горчакову отступать. Подготовка к движению проходила, когда Паскевич уже начал получать сообщения о том, что австрийцы готовятся выступать. «Еще раз, дай Бог, — писал он Горчакову 6 (18) июня, — чтобы успели хорошо отойтить». Как всегда, отступление русских войск сопровождалось исходом около 5 тысяч болгарских семейств, опасавшихся резни, которую могли устроить турки. Люди уходили со скотом и пожитками, под прикрытием русской пехоты, защищавшей этот исход. Турки не преследовали.
9 (21) июня 1854 г. Горчаков начал подготовку к отходу. 14 (26) июня русские войска завершили переход на левый берег Дуная. Осада Силистрии обошлась Дунайской армии в 2500 чел. убитыми и ранеными. 15 (27) июля Горчаков начал отвод войск из Валахии и Молдавии. Николай I торопил отход Дунайской армии за Прут. При отступлении нередко случалось, что русские и австрийские пикеты находились один напротив другого. Русским войскам был отдан строгий приказ, запрещавший «ни под каким видом» открывать огонь первыми. На случай, если это сделают вчерашние союзники, были готовы планы активных действий. Как отмечали австрийцы уже после войны, армия, отступая, была постоянно готова контратаковать. Это останавливало от соблазнов. Император всё же опасался вторжения австрийских войск в Подолию, где им абсолютно нечего было тогда противопоставить.
Исчезновение линии противостояния на Дунае автоматически усилило опасность для Крыма. 30 июня (12 июля) Меншиков, ссылаясь на информацию, полученную из Петербурга, Варшавы и Вены, сообщил Горчакову о том, что «главные силы англо-французов направляются против Севастополя как к главной цели войны, состоящей в намерении истребить здешнее адмиралтейство и уничтожить черноморский флот. И приказание, и долг повелевают мне защищать их до последней капли крови, но вместе с тем предвижу, что буду раздавлен, и без успеха, если неприятель высадится в числе 50-ти или 60-ти тысяч человек, не включая сюда турок или тунисцев. Следовательно, главная забота должна быть о том, чтобы не допустить неприятеля с таким силами до Крыма, или же дать мне равносильное подкрепление. Вы можете, любезный князь, содействовать и тому, и другому».
6 (18) июля Горчаков, получив эту просьбу, распорядился направить в Крым 16-ю пехотную дивизию. Она должна была прибыть туда в конце августа. Командующий пошел на этот шаг самостоятельно, не имея на него прав. Николай I одобрил решение Горчакова, несмотря на возражения со стороны Паскевича. Фельдмаршал разделял опасения императора относительно Австрии, но считал, что имеющиеся у Меншикова силы достаточны для обороны Севастополя. Угрозы для всего Крыма он не видел. Когда основные силы русской армии отошли за Бухарест, турки активизировались под Рущуком. Особого успеха в действиях против войск прикрытия они не имели. Выводя войска из княжеств, Паскевич хотел иметь возможность в случае войны действовать против австрийцев. Но в результате отступления изменилась и военная, и внешнеполитическая обстановка.
Уход русской армии из Княжеств существенно ослабил позиции Вены в Германии: «Бамбергеры» и Пруссия приняли его весьма благосклонно и требовали теперь следующего шага для достижения мира, а именно ухода англо-французских сил из Черного моря. Австрия уже не могла претендовать на роль лидера всех германских сил во имя прекращения войны.
В начале июля австрийские воска в основном были разделены на: 1-ю армию (67 тыс. чел, 168 орудий, под Веной), 2-ю армию (117 тыс. чел., 280 орудий, итальянская граница), 3-ю армию (116 тыс. чел., 304 орудия, Трансильвания), 4-ю армию (100 тыс. чел., 260 орудий, Галиция). Это был предел мобилизационных возможностей Австрии, и далее она была не в состоянии значительно увеличивать численность своих вооруженных сил. С другой стороны, Вена уже не могла рассчитывать на решение судьбы войны одним маневром. Готовность к нему пришла с опозданием — на Волыни и в Польше стояла русская армия.