Директор: Александр Петрович Сухоруков (с 24.5.2009)
1-й заместитель директора: генерал-лейтенант Сергей Иванович Шляев (с 21.9.2006)
Заместители директора: генерал-майор Владимир Борисович Муравник (с 23.2.2005); Игорь Федорович Голиков (с 19.6.2009)
Управление контроля ценообразования и использования финансовых средств по ГОЗ
Управление контроля ГОЗ в части ВВТ общего применения, авиационной техники, средств воздушно-космической обороны и вооружения, кораблей, морского ВВТ
Управление контроля ГОЗ в части ВВС, РВСН, КВ, связи и АСУ
Управление контроля ГОЗ в части тылового обеспечения
Управление контроля ГОЗ в части капитального строительства
Управление контроля состояния организаций ОПК и размещения ГОЗ
Правовое управление
Управление делами
Директор: генерал-майор Сергей Иванович Григоров (с июля 2004)
1-й заместитель директора: Владимир Викторович Селин (с 10.6.2009)
Заместители директора: Сергей Фотиевич Якимов (с 21.10.2006), Александр Ефимович Гапонов, Владимир Михайлович Гладышев, Владимир Гаврилович Анисимов