Федеральное агентство по защите результатов интеллектуальной деятельности военного, специального и двойного назначения (ФАПРИД): Владимир Викторович Зубрин (с 17.7.2009)
Директор: Александр Александрович Реймер (с 3.8.2009)
1-й заместитель директора: генерал-лейтенант внутренней службы Эдуард Викторович Петрухин (с 9.7.2007)
Заместители директора: Василий Павлович Большаков (с 11.10.2009); Александр Александрович Смирнов (с 11.10.2009); Сергей Аркадьевич Румянцев (с 25.10.2009)
Управление кадров и профессионального образования: полковник Геннадий Михайлович Наржонков (с 14.12.2009)
Оперативное управление: Александр Иванович Щербаков (с 25.10.2009)
Организационно-инспекторское управление: Леонид Витальевич Беляев (с 11.11.2009)
Управление безопасности: полковник внутренней службы Сергей Юрьевич Смирнов (с 5.8.2008)
Управление охраны: полковник внутренней службы Александр Константинович Новиков (с 17.10.2005)
Управление следственных изоляторов центрального подчинения (с 2009)
Управление следственных изоляторов и тюрем: полковник Владислав Владимирович Цатуров (с 14.12.2009)
Управление исполнения наказаний, не связанных с лишением свободы (с 2009)
Управление трудовой адаптации осужденных: полковник внутренней службы
Управление конвоирования и спецперевозок: полковник внутренней службы Владимир Михайлович Репьев (с 3.9.2005)
Управление по работе с личным составом: полковник внутренней службы Борис Валентинович Гонцов (с 3.9.2005)
Управление социальной, психологической и воспитательной работы с осужденными: Валерий Юрьевич Трофимов (с 11.11.2009)
Управление капитального строительства: Сергей Николаевич Обух (с 11.11.2009)
Управление инженерно-технического обеспечения и вооружения: подполковник внутренней службы Дмитрий Вячеславович Бородулин (с 12.9.2008)
Медицинское управление (с 2008): полковник Владимир Викторович Троицкий (с 1.11.2008)
Финансово-экономическое управление: генерал-майор внутренней службы Юрий Юрьевич Кузнецов (с 3.9.2005)
Правовое управление: генерал-майор внутренней службы Олег Вадимович Филимонов (с 3.9.2005)
Главная бухгатерия (с 2009)
Управление ресурсного обеспечения: генерал-майор внутренней службы Олег Григорьевич Царьков (с 3.9.2005)
Управление исполнения приговоров и специального учета: полковник Сергей Анатольевич Есипов (с 14.12.2009)
Управление тылового обеспечения: подполковник Андрей Александрович Бертрам (с 12.1.2010)
Подразделения, непосредственного подчиненные ФСИН РФ
Управление оперативно-технических и поисковых мероприятий
Центр жилищно-коммунального хозяйства
Управление строительства
Главный центр инженерно-технического обеспечения
Следственные изоляторы центрального подчинения
Центральная нормативно-техническая лаборатория
Центр обеспечения учебно-воспитательной работы
Объединенная редакция
Межрегиональный учебный центр
Главный центр гигиены и эпидемиологии