Департамент государственной политики в области железнодорожного транспорта: Александр Болотский (с 26.11.2007)
Департамент государственной политики в области морского и речного транспорта: Алексей Юрьевич Клявин (с 2009)
Департамент международного сотрудничества: Александр Алексеевич Андреев (с 2009)
Департамент правового обеспечения и законопроектной деятельности: Алексей Александрович Дружинин (с 20.3.2008)
Департамент программ развития: Алексей Константинович Семенов (с 10.11.2009)
Департамент имущественных отношений и территориального планирования: Александр Васильевич Тихонов
Административный департамент: А.В. Крылов
Департамент транспортной безопасности и специальных программ: Геннадий Аркадьевич Денисюк (с 17.1.2008)
Департамент экономики и финансов: Татьяна Владимировна Горбачик
Управление государственного надзора за деятельностью гражданской авиации (Госавианадзор): Виктор Владимирович Кононенко
Управление государственного автомобильного и дорожного надзора (Госавтодорнадзор): Андрей Геннадьевич Соколов (с 2009)
Управление государственного железнодорожного надзора (Госжелдорнадзор): Георгий Борисович Якимов
Управление государственного морского и речного надзора (Госморречнадзор): Петр Михайлович Ермолаев
Управление транспортной безопасности: Александр Николаевич Свешников
Управление государственной службы, кадров и специальных программ: Владимир Федорович Гришечкин (с 2009)
Финансовое управление: Петр Лаврентьевич Лаврентьев
Управление правового и документального обеспечения: Александра Александровна Новик
Заместитель руководителя: Олег Олегович Клим; Владимир Иванович Дмитриев; Константин Анатольевич Махов (с 12.11.2008)
Управление воздушных перевозок: Алексей Русланович Кошкин
Управление аэропортной деятельности: Анатолий Александрович Пчелин (с 2009)
Управление финансов, бухгалтерского учета и отчетности: Виктория Викторовна Шаромова (с 2009)
Управление государственной службы, кадров и документального обеспечения: Вадим Леонидович Филиппов (с 2009)
Управление имущественных отношений, земельного фонда и правового обеспечения: Александр Сергеевич Ядренников (с 2009)
Управление летных стандартов: Владимир Владиславович Солдатов
Управление поддержания летной годности гражданских воздушных судов: Юрий Иванович Евдокимов (с 2008)
Управление экмплуатационной инспекции: Андрей Владимирович Борисов (с 2009)
Управление транспортной безопасности: Игорь Николаевич Петров (с 2009)