Административный департамент: Александр Алиханович Ахполов
Департамент управления делами и контроля: Андрей Александрович Афанасьев
Департамент бюджетной политики и методологии: Алексей Михайлович Лавров
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики: Илья Вячеславович Трунин
Департамент государственного долга и государственных активов: Константин Владимирович Вышковский
Департамент финансовой политики: Сергей Владимирович Барсуков (с янв. 2010)
Департамент межбюджетных отношений: Лариса Александровна Ерошкина (с марта 2009)
Департамент регулирования государственного финансового контроля, аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и отчетности: Леонид Зиновьевич Шнейдман
Правовой департамент: Светлана Викторовна Ячевская (с нояб. 2008)
Департамент бюджетной политики в отраслях экономики: Игорь Робертович Кузин (с марта 2009)
Департамент бюджетной политики в сфере государственной военной и правоохранительной службы и государственного оборонного заказа: Алексей Александрович Каульбарс (с сент. 2009)
Департамент бюджетной политики в отраслях социальной сферы и науки: Влаимир Анатольевич Шалаев (с янв. 2005)
Департамент бюджетной политики в сфере государственного управления, судебной системы, государственной и муниципальной службы: Татьяна Сергеевна Воробьева
Департамент долгосрочного финансового планирования: Вадим Анатольевич Максимов (с окт. 2008)
Департамент организации составления и исполнения федерального бюджета: Зара Габдулловна Белякова (с июля 2008)
Департамент международных финансовых отношений: Андрей Андреевич Бокарев (с дек. 2009)Аналитическое управление: Антонина Ивановна Новикова
Контрольное управление: Юлия Владимировна Яркоева (с 2009)
Управление налогообложения: Надежда Степановна Чамкина
Административное управление: Ирина Владимировна Акунова
Управление обеспечения: Ольга Юрьевна Васильева
Управление информатизации: Виталий Григорьевич Колесников
Правовое управление: Наталья Владимировна Елина (с апр. 2008)
Управление по обеспечению процедур банкротства: Георгий Анатольевич Груднин
Управление досудебного аудита: Наталья Вениаминовна Прокаева