Департамент управления делами: Елена Викторовна Абрамова
Финансовый департамент: Сергей Николаевич Бабарин (с 2008)
Департамент государственной службы и кадров: Олег Борисович Бекасов
Департамент инвестиционной политики и развития частно-государственного партнерства: Сергей Юрьевич Беляков (с июля 2009)
Правовой департамент: Павел Михайлович Волков (с июля 2008)
Департамент стран Америки: Елена Владимировна Данилова (с 2008)
Сводный департамент макроэкономического прогнозирования: Олег Анатольевич Засов (и.о., с окт. 2009)
Департамент недвижимости: Андрей Иванович Ивакин (с 2008)
Департамент государственных целевых программ и капитальных вложений: Ю.М. Колочков (с окт. 2004)
Департамент государственного регулирования тарифов, инфраструктурных реформ и энергоэффективности: Михаил Юрьевич Курбатов (с 3.2008)
Департамент особых экономичских зон и проектного финансирования: Дмитрий Анатольевич Левченков (с нояб. 2009)
Сводный департамент анализа и регулирования внешне– экономической деятельности: Алексей Евгеньевич Лихачев (с 2008)
Департамент экономики социального развития и приоритетных программ: Галина Чулуевна Махакова (и.о. с 2009)
Департамент торговых переговоров: Максим Юрьевич Медведков (с 2004)
Департамент корпоративного управления: Иван Валерьевич Осколков (с нояб. 2007)
Департамент государственного регулирования в экономике и развития конкуренции: Александр Александрович Пироженко (с 2009)
Департамент стран Азии и Африки: Григорий Наскидович Саришвили (с мая 2009)
Департамент проектов развития экономики регионов: Андрей Геннадьевич Соколов (с 2008)
Департамент стран Европы: Юрий Петрович Стеценко (с 2009)
Департамент развития секторов экономики: Людмила Александровна Тяжельникова (с февр. 2009)
Департамент имущественных отношений: Алексей Константинович Уваров (с 2008)
Департамент стратегического управления (программ) и бюджетирования: Олег Владиславович Фомичев (с июля 2008)
Департамент экономического сотрудничества со странами СНГ: Сергей Владимирович Чернышев (с июля 2008)
Департамент развития малого и среднего предпринимательства: Андрей Владиимрович Шаров (с 2009)