Управление предварительного контроля: Галина Константиновна Голушко
Управление учета и экономического анализа: Ольга Васильевна Федосеева
Управление надзора и контроля: Татьяна Павловна Легкая (с 2009)
Управление делами: Александр Васильевич Щеглов (с 2009)Административное управление:
Управление финансового контроля и надзора в отраслях экономики, государственных органах и внебюджетных фондах: Семен Иванович Зубакин
Управление финансового контроля и надзора в оборонном комплексе: Владимир Николаевич Супрун
Управление по взаимодействию с правоохранительными органами и судебной системой: Андрей Александрович Фонарев
Управление организационно-инспекторской деятельности и специального обеспечения: Георгий Борисович Смитюхов
Управление валютного контроля: Наталия Викторовна Плотникова
Юридическое управление: Илья Ильич Кучеров (с 2008)
Управление бухгалтерского учета и администрирования доходов федерального бюджета: Наталия Михайловна Гусева