Поводом и основанием для возбуждения уголовного дела в отношении профессора Белоярцева послужили заявления трех сотрудников ИБФ АН СССР о денежных поборах с его стороны. Деньги Белоярцев вымогал и присваивал из сумм премий, которые выписывал подчиненным сотрудникам. Свои заявления лица, в которых Белоярцев получал деньги, используя свое служебное положение, подтвердили на допросах. Поэтому непонятно, на каком основании некоторые авторы утверждают, что в основу уголовного дела легли доносы и анонимки.
Последних, кстати, в ходе расследования вообще не поступало. Кроме того, имелись данные о хищениях Белоярцевым спирта. Эти факты (хищение 2300 рублей — из премиальных сумм и растрата спирта на сумму более 10000 рублей) подтвердились в ходе предварительного расследования. Дело прекращено после того, как Белоярцев покончил с собой. Причем, проверка, проведенная КГБ СССР и Прокуратурой СССР по просьбе бывшего директора ИБФ АН СССР Иваницкого, в действиях работников правоохранительных органов нарушений закона не выявила, так же как и данных о доведении кем-либо Белоярцева до самоубийства.
В ходе расследования по фактам злоупотреблений Белоярцева, многие сотрудники его лаборатории давали показания о грубых нарушениях существующих правил во время проведения клинических испытаний препарата "перфторан". Эти нарушения были установлены и квалифицированной комиссией Минздрава СССР, АН СССР и Центрального военно-медицинского управления Министерства обороны СССР в 1985 году. Установлены серьезные нарушения, связанные с изготовлением препарата и применением его в клиниках, а также с организацией клинических испытаний.
В ИБФ АН СССР отсутствовала требуемая идельная асептичность технологического процесса, которая исключала бы возможность занесения в препарат какой-либо инфекции. Следствием, бесспорно, установлено, что многие партии препарата направлялись в клиники страны до получения результатов бактериологических анализов образцов, а впоследствии (когда уже препараты были внутривенно введены больным) выяснялось, что партия препарата заражена теми или иными болезнетворными бактериями (в препарате обнаруживали стафилококк эпидермиса, диплококки, дифрероиды, спороносную палочку и т. д.). В свете этих фактов, ни чем иным как мошенничеством, нельзя назвать надписи на этикетках препарат "Стерильно внутривенно". Таких партий препарата по документам ИБФ АН СССР выявлено восемь.
Кроме этого, в клиники направлялись партии препарата "перфторан", изготовленные по иной рецептуре, нежели та, которая предоставлялась в Фармакологический комитет Минздрава СССР и была разрешена для клинического изучения, а также использовались препараты "Фторем" и "Перфузоль", вообще не разрешенные к испытаниям. Имели место факты направления в клиники нестандартного, пирогенного (вызывающего повышение температуры тела) "перфторана".
Эти нарушения, безусловно, касающиеся здоровья людей, вкупе с данными советской и зарубежной научной литературы о возможных неблагоприятных эффектах воздействия перфторуглеродных соединений на организм человека, и послужили основанием для возбуждения Прокуратурой СССР 5 марта 1987 года уголовного дела.
Если перечисленные нарушения можно отнести за счет неосторожности и халатности отдельных должностных лиц ИБФ АН СССР и клиник, то другие нарушения являются умышленными.
Так, начальник ГВКГ им. Н.Н. Бурденко генерал-майор медицинской службы Крылов и начальник лаборатории вспомогательного кровообращения и искусственной оксигенации того же госпиталя полковник медицинской службы Мороз совместо с разработчиками препарата, в нарушение всех норм и правил, самовольно изменили упаковку и вместо стеклянных флаконов стали применять пластиковую — "Компопласт-300". При этом они не изучили последствия взаимодействия компонентов препарата с материалом контейнера и изменения его свойства. Препарат, упакованный в эти контейнеры, указанные лица применяли в лечении больных, в том числе и раненых в Афганистане (разрешение на использование неопробированного препарата в ДРА никто не давал). Проведенными в ходе следствия тремя судебно-химическими экспертизами установлено, что в массу препарата из материала контейнера попадает "диоктилфталат", органическое вещество, отнесенное к группе токсичных.
В институте хирургии им. А.В. Вишневского заведующий отделением сосудистой хирургии профессор Покровский, столкнувшись со случаями тяжелых реакций больных на введение "Перфторана", решил совместно с Белоярцевым провести своеобразное "научное исследование". Пытаясь выяснить, какой именно компонент препарата вызывает реакции больных, дал разрешение сотруднику ИБФ АН СССР Азизову вливать им внутривенно один из компонентов — "Проксанол" и, заведомо не зная результатов, наблюдал за состоянием больных.