В силу Положения 1845 года, войско было разделено на 17 полковых округов, а управление его разграничено на военное и гражданское. Вообще же местное управление составляли: 1) войсковой наказный атаман, 2) войсковое дежурство, 3) войсковое правление, 4) бригадные управления, 5) временные военно-судные комиссии, 6) полковые и станичные управления и 7) торговый словесный суд. В хозяйственном отношении для войска имело большое значение войсковое правление; по отношению же собственно к гражданскому управлению существенную роль играли, с одной стороны, бригадные и полковые управления, а с другой, станичные. Все эти учреждения были связаны между собой в порядке восходящих инстанций; низшую инстанцию составляли станичные управления, а высшую – бригадные. Бригадные управления состояли из командира и его канцелярии, которой заправлял бригадный адъютант. В состав же полковых управлений входили председатель, которым был полковой командир, и четыре или три заседателя, назначавшиеся исключительно из отставных чиновников. Наконец, станичные управления представляли собой собственно уже органы казачьего самоуправления.
Таким образом, старинный казачий строй линейцев, державшийся на делении войска на полки, остался неизменным и по Положению 1845 г. Были лишь расширены рамки высшего казачьего управления, причем военное начало, как регулирующий фактор, по-прежнему легло в основу всех казачьих распорядков. Это ярко отразилось на станичной общине.
Станичное самоуправление линейцев значительно отличалось от такого же самоуправления у донских и черноморских казаков. Существенное отличие линейных общин в этом отношении составляла организация станичных управлений. В состав этих учреждений входили станичный начальник и двое судей, но выборными лицами были лишь последние. В силу параграфа 289 Положения, станичные начальники назначались войсковой администрацией и притом исключительно из войсковых офицеров или чиновников. Исключение составлял один Владикавказский полк (станицы, из которых набирался этот полк, позднее вошли в Терское казачье войско. –
Такое положение станичного начальника, как независимого во всех отношениях от общины лица, обусловливалось чисто военными обстоятельствами. Ведая гражданское управление станицы, станичный начальник был по преимуществу военным командиром. Так, на нем лежали обязанности принимать в чрезвычайных случаях «все меры к предупреждению и отражению внезапных нападений на станицу горцев»; он должен был следить за караулами станицы; станичный начальник «наблюдал, чтобы жители станицы там, где это по местности необходимо, выходя на полевые работы или сенокосы, имели при себе оружие на случай внезапного нападения хищников»; на станичном же начальнике лежали заботы по обучению строевой службе малолетков. Таким образом, один уже этот перечень обязанностей станичного начальника указывает на ту роль, какую играло это лицо в станичном самоуправлении: последнее всецело было подчинено станичному начальнику.
Та же печать военной субординации лежала на отношениях общины даже к своим выборным лицам. Судьи выбирались обыкновенно общинами на три года, но, по занимаемому ими положению, они отличались от станичных судей Черноморского войска. В последнем судьей был рядовой казак и самое его положение, помимо лежавших на нем обязанностей, не давало ему никаких исключительных прав на место в войсковой чиновной иерархии. На Линии же судья, если он даже не был офицером, пользовался правами последнего по Положению 1845 года.
Вообще период заправления станицами со стороны станичных начальников по назначению памятен для линейца как период его бесправия и своеволия чиновного люда. Производили давление на общину и казака в это время не одни станичные начальники, а и вся вообще чиновная старшина. Конечно, и тогда, как теперь, было не без добрых и честных людей. Но, при узких рамках станичного самоуправления, с одной стороны, и при давлении чиновного казака, с другой, станичное население терпело больше обид и несправедливостей, чем в настоящее время.