К середине XIX века хозяйкой земель стала жена князя Трубецкого – Наталья Сергеевна. Вскоре, однако, владение было разделено на две доли. За княгиней Н. С. Трубецкой остались Никольское и Лукино, в то время как Гольяново с окружающими его деревнями отошло ее сыну Петру Ивановичу. Петр Иванович Трубецкой был известной фигурой в России во второй половине XIX века. Он дослужился до звания сенатора и получил чин генерал-лейтенанта русской армии, был женат на Эмилии Петровне Витгенштейн – дочери известного фельдмаршала князя П. Х. Витгенштейна, участника войны с Наполеоном. В 1862 году Эмилия Петровна покупает Гольяново у мужа «с господскими строениями и заведениями», землей и крестьянами. В середине XIX столетия в Гольянове уже было шестнадцать домов дворовых людей и тридцать пять крестьянских. Если прежде село располагалось по двум берегам Сосенки, то к этому времени потеснилось на левый ее берег, поближе к южной дороге, ведущей в сторону Стромынского тракта. На карте 1860-х годов можно рассмотреть, что в северной части села, там, где в XVIII веке стояла деревянная церковь, появилось кладбище с часовней.
Из переписи 1869 года известно, что в Гольяново работала земская школа, попечителем которой был зажиточный крестьянин Н. Г. Тюняев, содержавший небольшую фабрику по производству тканевых одеял. Тем не менее, процент грамотных крестьян в Гольянове был невысок, ниже среднего показателя по Московскому уезду. Только к концу XIX столетия грамотных стало больше. Каждый третий умел читать, считать и писать.
В 1880-е годы вблизи Гольянова располагались небольшие ткацкие предприятия Лобачева, Кузьмичева и Колкунова, которые выглядели достаточно скромно. В просторной избе стояли несколько ткацких станов, которых было вполне достаточно для мелкого кустарного производства. Как правило, на небольшой фабрике в Гольянове работало до пятнадцати человек. Это были семейные предприятия зажиточных крестьян, где каждый выполнял посильную работу. Если была потребность в дополнительной силе, то брали поденщиков, в первую очередь, из местных жителей. Кустари изготавливали, как правило, одеяла, бывшие тогда ходовым товаром.
Неподалеку располагался кирпичный завод купца Венедикта Веденеева и свечной завод Московского епархиального ведомства, основанный в 1884 году. Это было одно из наиболее прибыльных предприятий в пределах всего Московского промышленного района, где работали всего шестьдесят два человека. И хотя на нем господствовал ручной труд, производительность завода была достаточно высока. За год выпускали свечей на семьсот девяносто три тысячи рублей. Безусловно, продажа церковных свечей была прибыльным делом, и казна Московской епархии обогащалась. Вспоминается яркий персонаж И. А. Ильфа и Е. П. Петрова из «Двенадцати стульев» – отец Федор, который стремился добраться до бриллиантов тещи Кисы Воробьянинова, чтобы построить заветный свечной заводик.
Во второй половине XIX века темпы роста Гольянова снизились, особенно по сравнению с соседним Черкизовом. По статистике, к 1869 году в нем насчитывалось тридцать семь дворов с двумястами семьюдесятью семью жителями. Все постройки были деревянными. Крестьяне выращивали преимущественно картофель, овес, и в меньшей степени рожь. После отмены крепостного права, пахотная земля была разделена на сто двадцать долей. Крупные наделы земли оказались в руках купцов. В 1872 году душеприказчик князя П. И. Трубецкого продал огромный надел в две тысячи триста пятьдесят три десятины при селах Гольяново, Никольское и окружавших их деревнях купцу А. Н. Прибылову.
В 1926 году в Гольянове было семьдесят девять крестьянских и сорок семь прочих хозяйств, а население составляло четыреста девяносто два человека. Работали сельсовет, начальная школа, детский дом, меховая и ткацкая мастерские. В период коллективизации возник свиноводческий совхоз имени десятилетия Октября. В начале 1930-х годов прекратились службы в сельской церкви, которую превратили в макаронную фабрику.
В состав Москвы Гольяново вошло в 1960 году, когда МКАД определила новую границу столицы. Через село протянулись новые улицы: Байкальская, Алтайская, Уральская и Хабаровская, и появлялись новые жилые дома.
В апреле 1990 года возобновились богослужения в церкви Соловецких святых Зосимы и Савватия. Распоряжением Правительства Москвы ансамбль храма был принят под государственную охрану в качестве объекта культурного наследия регионального значения.