Со временем кладбище при монастыре стало главной усыпальницей московского купечества. В Покровском храме, в приделе святителя Ионы, погребены: грузинский митрополит Иона (ум. в 1821 г.), грузинского царя Георгия XIII дети: Илия (ум. в 1854 г.), Окропир (ум. в 1857 г.), Ираклий (ум. в 1859 г.); дочь Имеретинского царя Соломона Дария княгиня Кайхосро Абашидзе (ум. в 1827 г.); под Воскресенскою церковью – Неофит митрополит Илиопольский и Ливанский (ум. в 1853 г.).
Монастырь был очень богат капиталами, получаемыми за поминовение усопших и места для погребения. Ни один монастырь и ни одно кладбище не имели такого множества дорогих и изящных памятников, как он. Преимущественно хоронили здесь из богатого московского купечества. На монастырском кладбище находились семейные могилы купеческого рода Боткиных, среди них писатель Василий Петрович Боткин (1811–1869).
На кладбище Покровского монастыря был погребен в семейном склепе потомственный почетный гражданин Расторгуев Алексей Дмитриевич, видный общественный деятель и благотворитель. Много бедняков, обителей и храмов получали от него крупные пожертвования. Каждый праздник посылал он милостыни по тюрьмам и больницам. В 1876 году израсходовал 40000 рублей на возобновление церкви Николая на Болвановке. Два раза возобновлял церковь в пересыльной тюрьме. В губернской Таганской тюрьме на его средства (60000 руб.) устроен новый каменный храм во имя иконы Божией Матери Взыскание погибших.
Теперь Покровский монастырь является женским. Около 10 лет тому назад, с перенесением в 1998 году в Московский Покровский монастырь святых мощей Блаженной старицы Матроны Московской, по благословению Святейшего Патриарха Алексия II, началось сначала медленное, а потом и более заметное возрождение духовного центра Москвы и всей России – Культурно-Исторического центра ТАГАНКА.
Сейчас в монастырь огромным потоком идут паломники, чтобы поклониться святым целительным мощам Блаженной старицы Матроны Московской. И это очень радует москвичей и гостей столицы, за исключением того, что по соседству, на земле, принадлежавшей до 1917 года Покровскому монастырю, на месте древнего монастырского кладбища продолжаются увеселительные мероприятия, организуемые ночным клубом «Парк-Авеню-Диско».
Бахрушины являлись щедрыми благотворителями, заботившимися и об удовлетворении духовных потребностей тех, кому оказывали помощь; в их доме бесплатных квартир против Кремля на Софийской набережной был выстроен домовый храм во имя святителя Николая; в приюте в Сокольниках сооружен домовый храм во имя Живоначальной Троицы. Оба здания сохранились до наших дней.