Альва стал распоряжаться в Нидерландах как в стране завоеванной; он учредил верховный суд, под названием
Вильгельм Оранский и брат его Людовик собрали в Германии войско, но это войско не могло соперничать с первым тогда войском в мире, войском испанским, особенно когда им начальствовал такой искусный полководец, как герцог Альва, который разбил наголову Людовика Оранского, потерявшего 7000 человек в битве. Альва мог не бояться нападений извне, но он имел неосторожность вооружить против себя горожан и Южных Нидерландов; эти люди равнодушно смотрели на преследование протестантов, потому что были католиками, равнодушно смотрели на гибель дворянских вождей, потому что не питали сочувствия к дворянству и его интересам; но они взволновались, когда дошел черед до их интересов, когда опасность начала грозить их собственности. Имея нужду в деньгах и не получая их из Испании, Альва произвольно наложил подати по испанскому образцу: 1) один процент со всякого движимого и недвижимого имущества; 2) пятый процент от каждой продажи земельной собственности и 3) десятый процент от каждого проданного товара. Раздраженные купцы и промышленники закрыли свои лавки и заведения, и страшный Альва нашелся в самом затруднительном положении; он испугался всеобщего негодования и отменил новую пошлину с необходимых предметов потребления: хлеба, мяса, вина, пива.
А между тем в северных, протестантских Нидерландах дела шли дурно для Испании: морская голутьба усиливалась все более и более и в 1572 году разбила высланный против пес испанский флот. Вообще в продолжение всей борьбы испанцы брали верх на сухом пути и терпели неудач i на море; Вильгельм Оранский не мог ничего сделать на юге с своим немецким сбродным войском, а князья протестантской Германии не двигались к нему на помощь. Альва не очень уважал немецких князей, о которых писал: «Немецкие князья — это знатные господа, у которых на щитах и гербах огромные звери, львы, грифоны, орлы и другие, с большими зубами и клювами; но эти звери не кусаются и не клюют».
Несмотря, однако, на превосходство испанского сухопутного войска, борьба затягивалась в Нидерландах вследствие успехов морской голутьбы и сопротивления северных провинций, где действовал Вильгельм Оранский, провозглашенный в 1572 году в Дортрехте королевским штатгалтером четырех провинций — Голландии, Зеландии, Фрисландии и Утрехта; борьба эта становилась тяжкою для Испании по скудости ее финансовых средств; хотели прекратить ее, и в конце 1573 года Альва был отозван; он сам писал королю: «Народная ненависть ко мне уничтожает все мои меры; другой найдет более сочувствия и будет в состоянии сделать лучшее».
Место Альвы занял Реквезенс, человек мягкий, способный действовать примирительными средствами. Реквезенс немедленно стал хлопотать о примирении, но встретил сопротивление в Вильгельме Оранском, который не мог ждать для себя ничего хорошего от Филиппа II и потому старался довести дело до окончательного разрыва с Испаниею; при этом интересы Вильгельма были тесно соединены с интересами протестантского народонаселения северных провинций, которому также нечего было ждать добра от Филиппа, и для теснейшей связи с северными провинциями Вильгельм переменил католическое исповедание на протестантское. И при Реквезенсе борьба шла с прежним характером: блистательная победа испанского сухопутного войска над братом Вильгельма Оранского Людовиком — и поражение испанского флота морскою голутьбою; испанцы потерпели также неудачу при осаде Лейдена, геройская защита которого жителями принадлежит к числу самых видных событий борьбы; в награду за геройство лейденцы получили от голландских чинов (штатов) право на основание у себя университета.