Непоколебимый в несчастиях Филипп не оказал ни малейшего неудовольствия начальнику разбитого флота, герцогу Мединачели, и снарядил новый флот, с помощию которого испанцы овладели важным укрепленным местом в Северной Африке, Пиньон-де-Велецем. В 1565 году Пиале явился с флотом у Мальты и осадил крепость. Рыцари под начальством гроссмейстера Лавалетта четыре месяца геройски защищались и были спасены прибытием испанского флота; турки отплыли, потерявши 20 000 человек при осаде. Мальта была спасена, но в 1571 году турки отняли у венециан Кипр: тогда был заключен
Отличаясь особенною ревностию в истреблении «лютеранской язвы» и в борьбе с мусульманами в Северной Африке и на Средиземном море, испанцы, понятно, не могли уживаться в ладу с маврами, остававшимися среди них по уничтожении мусульманского государства на юге Испании. Кроме вражды религиозной, испанцы считали мавров своими заклятыми врагами, врагами домашними и тем более опасными, особенно опасными в то время, когда турецкое могущество висело грозною тучею над Европою. Испания не могла переварить этого отдельного и враждебного народа среди своего народа, «народа в народе». Для избежания преследований некоторые мавры приняли христианство; но испанцы очень хорошо знали, что это принятие только наружное, что обличалось сохранением мусульманских обычаев марранами или маврисками (как называли этих маврохристиан).
Как смотрели испанцы на свои отношения к маврам, видно из письма одного профессора Алкалского университета к королю Филиппу: «Чем больше будет убито мавров, тем выгоднее, потому что тем менее будет у нас врагов». Чтобы уничтожить двоеверие маврисков, в 1567 году издано было постановление, в котором под смертною казнию запрещалось маврискам говорить на своем языке и сохранять старые мавританские обычаи и платье; двери домов их должны быть постоянно отперты, их женщины не должны носить покрывал, они не должны называться мавританскими именами, а только испанскими, не должны покупать рабов в Африке и вообще не должны иметь рабов; велено было переписать детей для отсылки их в школы. Чтобы воспрепятствовать исполнению этого указа, мавры составили заговор, причем первым делом их было послать с требованием помощи к султану турецкому, к владетелям Алжира и Марокко. Весною 1568 года восстание вспыхнуло, и предводителем был избран молодой Дон-Фернандо Мулей, ведший свое происхождение от оммиадских калифов; Мулей был провозглашен королем Гренады и Андалузии. Восстание длилось два года; потушить его успел Дон-Жуан в 1670 году; много мавров погибло от меча, других разбросали по разным областям.
В западной части Пиренейского полуострова господствовало то же народное и правительственное направление, как и в Испании. В самом начале учреждения своего ордена иезуиты нашли самого усердного покровителя в португальском короле Иоанне III; с его поддержкою знаменитый миссионер иезуит Франциск Ксаверий распространял христианство в Ост-Индии и Японии. Внук и наследник Иоанна III, Себастиан, воспитанный иезуитами, только и мечтал о крестовых походах в далекие неверные страны. Он вмешался в родовую усобицу между владетелями Марокко, в 1578 году предпринял туда поход и погиб со всем войском в сражении при Алькантре, не оставив потомства. Филипп II испанский как сын старшей сестры Иоанна III предъявил права свои на упраздненный португальский престол, и сильное войско испанское под начальством герцога Альвы вступило в Португалию. Альва разбил другого искателя престола — Антония (племянника Иоанна III от брата), и Португалия была присоединена к Испании. Филипп приобрел Португалию с ее обширными богатыми колониями; но зато потерял северную часть Нидерландов.