Филипп II думал одну крепкую думу — как бы уничтожить ересь во всех своих владениях сперва, в целой Европе — потом. В Испании было ему это легко, трудно в Нидерландах; но для Филиппа не существовало трудностей, препятствий при достижении раз предположенной цели. Филипп назначил наместницею в Нидерландах побочную сестру свою, Маргариту, герцогиню Пармскую; но Маргарита была правительницею только по имени, а всеми делами заправлял кардинал Гранвелла, человек умный, даровитый, с большими познаниями, работник неутомимый. Будучи незнатного происхождения, сын адвоката, обязанный своим положением Карлу V и сыну его, он был беспредельно предан своему государю, говорил: «Я не бургундец, не фламандец, я принадлежу Филиппу II». Присутствие Гранвеллы и его деятельность сильно оскорбляли нидерландское вельможество, которое хотело управлять страною; особенно недовольны были самые видные вельможи, принц Оранский, граф Эгмонт и граф Горн, которые и стали в челе оппозиции королевскому самоуправству, каким являлось в их глазах поведение Филиппа.
Началась борьба; король уступал вельможам там, где мог уступить; в одном уступить он не мог — в преследовании ереси. Для ее искоренения Филипп признал за нужное увеличить число епископов в Нидерландах, и вместо прежних четырех он учредил 14, причем папа уступил королю право назначения епископов. Эта мера произвела сильное неудовольствие, ибо усиливала королевскую власть умножением числа важных лиц, которых назначение зависело от короля; для содержания новых епископов упразднены были некоторые богатые аббатства, другие потеряли часть своих доходов, и вельможи лишились средств выгодно помещать младших сыновей своих; притом во время собрания государственных чинов аббаты по малочисленности епископов имели важное влияние, а теперь это влияние переходило к епископам, назначенным королем. Другою причиною сильной и всеобщей жалобы был постой испанских войск в Нидерландах.
Ненависть нидерландских вельмож к Гранвелле увеличивалась все более и более; ответственность за всякую неприятную меру складывалась на него. В 1562 году принц Оранский, графы Эгмонт и Горн объявили наместнице, что они не будут присутствовать в государственном совете, пока Гранвелла останется его членом, и сдержали слово: удалились не только из государственного совета, но и из Брюсселя. Гранвелла должен был уехать в Испанию. Но Филипп и по отозвании Гранвеллы не думал отказываться от своих мер относительно истребления ереси в Нидерландах: он требовал, чтобы все постановления ТриДентского собора были приняты в стране, и ввел инквизицию. Тогда в 1566 году несколько дворян собрались под предводительством Филиппа Марникса фон Сент-Алдегонде, солдата и богослова, оратора и литератора, и поклялись вооруженною силою защищать родную страну от Инквизиции и новых законов. Это был первый шаг к отложению Нидерландов от Испании: акт, составленный Марниксом с товарищами, называется
Вследствие этого движения поднялись протестанты, ожесточенные инквизициею, и показали себя достойными соперниками фанатиков католицизма: протестанты напали на церкви, начавши с великолепного Антверпенского собора, и уничтожили в них изображения святых и все вещи, относившиеся к католическому богослужению; много произведений искусства погибло от рук новых вандалов, особенно в Антверпене, первом торговом городе тогдашней Европы. Эти буйства протестантов нанесли сильный удар делу протестантизма и делу недовольных (голутьбы) в Южных Нидерландах, где большинство народонаселения было за католицизм. Маргарита получила возможность набрать войско и преследовать иконоборцев, поступок которых давал и королю Филиппу право принять сильные меры против ереси и людей, своею оппозициею мешавших правительству в ее искоренении. Филипп отправил в Нидерланды войско под начальством герцога Альвы, человека самого способного действовать устрашением (террором), не дрожавшего ни перед каким средством для достижения святой цели — истребления ереси. Альва явился в Нидерланды и начал распоряжаться всем, Маргарита увидела необходимость удалиться.