Правительство имело предельно ясное представление о том, что единственной возможностью отстоять Англию является скорейшая переброска на острова подкреплений из доминионов. Теперь никаких сомнений в полезности больших лайнеров для судьбы нации ни у одного парламентария не возникало. Правда, все отдавали себе отчет и в том, что немцы и их союзники приложат все усилия для уничтожения «Куин Мэри» и ее коллег. Во время норвежской кампании подводные лодки и рейдеры немцев потопили шесть крупнотоннажных военных транспортов — конверсированных лайнеров. От тех, кто оставался в строю, требовалась напряженная служба, причем, не считаясь с потерями.
Капитану Ирвингу было прекрасно известно о всех опасностях, которые поджидают вверенное ему судно. Опасно было даже стоять в порту: разведчики Люфтваффе проявляли повышенный интерес к судам, скопившимся в устье Клайда, а германская резидентура в Шотландии интересовалась конкретно «Королевой».
Для того чтобы защитить громадный лайнер, контрразведке пришлось приложить максимум усилий. Моряки, болтливо живописавшие за кружкой пива в местном пабе свою жизнь на судне во время первого похода, немедленно списывались на берег. Фотографы, избравшие судно предметом своих снимков, задерживались, тщательно проверялись, а их пленки немедленно засвечивались. Само судно и пирс, возле которого оно стояло, днем и ночью патрулировались вооруженными солдатами. Любая профилактика механизмов, не говоря уже о более сложных работах, производилась под неусыпным контролем службистов. Кому-то эти меры безопасности могут показаться параноидальными, но нельзя забывать о том, что, в случае вывода «Королевы» из строя, возможности Англии перевозить войска морем разом сократились бы на 20 %. В любом случае, эти меры возымели действие: за время стоянки в родном городе с «Королевой» ничего не произошло. И 29 июня 1940 г. капитан Ирвин вновь вывел лайнер в море. В секретном конверте, распечатанном после выхода судна из Ферт оф Клайд, портом назначения был назван Сингапур. Там лайнер должен был пройти докование и далее следовать в Сидней.
Вояж длиной в 14000 морских миль с двумя промежуточными бункеровками прошел без приключений. 5 августа «Куин Мэри» встала в военно-морской сухой док сингапурской базы. В течение 41 дня рабочие очистили корпус судна от обрастаний, подновили окраску, установили в носовой части судна параванное устройство для защиты от якорных мин. Механики перебрали силовую установку и рулевой привод лайнера.
Но пребывание в Сингапуре было прервано поступившим 14 сентября сообщением о вторжении итальянских войск в Египет. Это событие представляло собой новый фактор угрозы для Британской империи: в случае захвата итальянцами Суэца оказалась бы перекрытой важнейшая транспортная артерия, по которой из Азии, Австралии и Новой Зеландии в метрополию доставлялись войска и снабжение. Кроме того, успех стран оси в Египте открывал им дорогу для вторжения на Ближний Восток. Так буквально за сутки Средиземноморье стало основным театром военных действий. Из Адмиралтейства поступил приказ: «Куин Мэри» немедленно отбыть в Сидней и приступить к переброске войск АНЗАК в Египет. 25 сентября лайнер прибыл в Австралию и в течение трех недель вновь прошел модернизацию на фирме «Кокату». Теперь он мог взять на борт 7500 человек. 20 октября «Куин Мэри» снова вышла в рейс и направилась с войсками в Суэц.
В течение следующих семи месяцев лайнер занимался переброской войск в Индийском океане. Иногда он ходил с конвоями вместе с другими лайнерами, но чаще действовал в одиночку. Командование пришло к резонному выводу: в узкостях Красного моря огромное судно будет подвергаться слишком большой опасности со стороны авиации и подводных лодок противника, поэтому большинство рейсов «Королевы» заканчивались в Бомбее или Тринкомали, где войска перегружались на более мелкие транспорты и следовали дальше.
В начале апреля 1941 г. к «Куин Мэри» присоединилась ее младшая сестра «Куин Элизабет». К ноябрю ку нардовские «Королевы» перебросили на африканский театр военных действий более 80000 бойцов АНЗАК, внеся неоценимый вклад в стабилизацию на египетском фронте. Однако все надежды на скорое завершение войны рухнули после 7 декабря, когда в войну на стороне оси вступила Япония. Это событие расстроило все стратегические планы англичан, поскольку под ударом оказались все их дальневосточные коммуникации и базы — такие как Гонконг и Сингапур. Австралия также находилась в опасном положении: отток сил АНЗАК в другие регионы основательно ослабил оборону доминиона. В случае захвата Австралии силы оси доминировали бы над Тихим и Индийским океанами, угрожая Индии и Юго-Восточной Азии. Оказались бы прерванными и поставки в метрополию ценного стратегического сырья — такого как нефть и каучук.