По воспоминаниям Ванникова, Сталин предложил именно его кандидатуру на пост председателя Технического совета при Спецкомитете, куда вошли известные ученые-ядерщики. Иосиф Виссарионович так мотивировал это предложение: «Давайте назначим председателем Ученого совета тов. Ванникова, у него получится хорошо, его будут слушаться и Иоффе, и Капица, а если не будут – у него рука крепкая; к тому же он известен в нашей стране, его знают специалисты промышленности и военные».
Однако тут приключилось непредвиденное. Гордый и независимый Петр Леонидович Капица, лучший ученик и друг великого Резерфорда, не захотел слушаться ни Ванникова, ни самого Берию. 3 октября 1945 года он написал жалобу Сталину: «Товарища Берия мало заботит репутация наших ученых (твое, дескать, дело изобретать, исследовать, а зачем тебе репутация). Теперь столкнувшись с тов. Берия по Особому комитету (Спецкомитету
А 25 ноября 1945 года последовало новое, еще более резкое послание Капицы Сталину, в котором он просил освободить его «от участия в Особом комитете и Техническом Совете». Академик следующим образом мотивировал свою просьбу: «Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом Комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия… У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо… Товарищ Ванников и другие из Техсовета мне напоминают того гражданина из анекдота, который, не веря врачам, пил в Ессентуках все минеральные воды подряд в надежде, что одна из них поможет».
Капица подверг деятельность Спецкомитета резкой критике: «В организации работы по атомной бомбе, мне кажется, есть много ненормального. Во всяком случае, то, что делается сейчас, не есть кратчайший и наиболее дешевый путь к ее созданию… Но если стремиться к быстрому успеху, то всегда путь к победе будет связан с риском и с концентрацией удара главных сил по весьма ограниченному и хорошо выбранному направлению. По этому вопросу у меня нет согласия с товарищами… Единственный путь тут – единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет».
Сталин тотчас ознакомил с письмом Капицы от 26 ноября Берию. И Лаврентий Павлович тотчас позвонил строптивому академику, очевидно, получив от Сталина указание постараться наладить с ним отношения. Вот как передает со слов Капицы содержание этого разговора его друг – выдающийся режиссер Юрий Петрович Любимов: «Когда Петр Леонидович сказал Берии по телефону: «Если вам надо поговорить со мной, то вы и приезжайте…» – он знал, что рискует, сильно рискует, но зато он не будет связан с бандитом».
Любимов так прокомментировал этот поступок академика: «Я уже тогда, когда он рассказал мне о своем разговоре с Берией, понял, что то была вовсе не отчаянная, безумная храбрость, которая ничего не дает – кроме ареста. Он все рассчитал, включая и письма свои к Сталину, в которых он писал, что Берия – дирижер, не умеющий читать партитуру. Все рассчитал и пришел к выводу, что он это должен сделать. Зато ему потом будет гораздо спокойнее. Не будет грызть совесть. И ему не придется работать с Берией. Вместе с ним создавать советскую атомную бомбу…»
Такой наглости, разумеется, ни Лаврентий Павлович, ни Иосиф Виссарионович стерпеть, естественно, не смогли. Уже 21 декабря 1945 года Капицу вывели из состава Технического совета и Спецкомитета.
Судя по всему, Петр Леонидович специально спровоцировал конфликт с Берией и другими членами Спецкомитета, чтобы создать благовидный предлог и отказаться от работы над ядерным оружием. Очевидно, академик считал безнравственным работать над бомбой, которая могла поставить под угрозу существование всего человечества. Можно предположить также, что Капица не хотел давать такое сверхоружие в руки коммунистического режима и конкретно Сталина. Петр Леонидович никаких иллюзий не питал, и делать для «них» чудо-бомбу не собирался. И прямо говорил своему другу Ю. П. Любимову, когда власти начали травлю академика А. Д. Сахарова: «Что же делать, Юрий Петрович? Они даже не понимают, какого уровня этот ученый. И второе: они совершенно не понимают, что у него комплекс вины. Я ведь не стал делать бомбу для них, а Андрей Дмитриевич – стал…»
Вскоре после отлучения Капицы от атомного проекта Сталин 25 января 1946 года созвал на совещание Берию, Молотова и Курчатова. Вот как проходила эта встреча по записи Курчатова: «Беседа приближалась приблизительно один час с 7.30 до 8.30 вечера…
Основные впечатления от беседы. Большая любовь т. Сталина к России и В. И. Ленину, о котором он говорил в связи с его большой надеждой на развитие науки в нашей стране…