Первый снаряд взорвался чуть выше ватерлинии “Кенигсберга”, в носовой части по правому борту. В зоне поражения оказались цистерна, 2-я электростанция и 3-е котельное отделение. Многочисленные осколки посекли трубопроводы и электрические кабели, была уничтожена и часть электрооборудования. Котельные отделения наполнилось паром. В корпус хлынули вода и топливо. После выхода из строя электростанции, из строя вышли рулевое управление и система управления огнем. Последнее в данном случае уже не имело большого значения, так как батарея была хорошо замаскирована. Второй снаряд попал в надстройку у 37-мм автомата, который был поврежден, прошел через офицерские каюты, первую дымовую трубу и разбил задний 37-мм автомат левого борта, выведя из строя его расчет. Третий снаряд попал рядом со вторым и вызвал пожар в каютах. Из-за сильной задымленности не мог действовать дальномер на фок-мачте. Командир “Кенигсберга” капитан 1 ранга Рунфус начал выходить из боя и повел корабль в порт. Вскоре туда прибыл “Кельн”. По немецким крейсерам открыла огонь другая береговая батарея. Ее обнаружили и открыли ответный огонь. При этом “Кенигсберг” стрелял из всех трех башен. Батарею подавили, и затем ее захватила немецкая пехота. Берген был оккупирован.
С “Кенигсберга” выгрузили оставшихся на борту солдат, передали часть топлива на другие корабли. Несмотря ни на что, повреждения корабля оказались незначительны. Корабль оставался в состоянии развить наибольшую скорость 22- 24 узла, хотя из-за пробоины в корпусе заметно снизились его мореходные качества. Адмирал Шмундт после консультации с вышестоящим командованием принял решение оставить поврежденный крейсер в норвежском порту для ремонта, видимо, опасаясь появления превосходящих сил английского флота.
Эта опасность была весьма реальной: 4 новейших крейсера типа “Таун” под командованием адмирала Лейтона уже шли в Берген. Скорость английских кораблей сильно снижалась штормом. Но немцам сильно повезло: находившиеся в 80 милях южнее Бергена английские крейсера остановило Адмиралтейство. В Лондоне опасались, что немцам уже удалось привести береговые батареи в боеспособное состояние. Если бы корабли не вернули, то скорее всего, 3 группа была бы уничтожена.
Но “Кельн” и “Кенигсберг” по-прежнему стояли в порту Бергена.
После полудня 9 апреля немецкое соединение атаковала британская авиация. 24 бомбардировщика сбросили бомбы, но ни одна из них в цель не попала. Поэтому “Кельн” вместе с боеспособными кораблями вышел в море, а “Кенигсберг” перевели к причалу, с таким расчетом, что его кормовые башни и 88-мм зенитные орудия держали под контролем западный вход в порт. Северный вход в порт держали под контролем все башни главного калибра. Торпедные катера пришвартовали к его борту. Часть экипажа сошла на берег для усиления частей вермахта. При выборе места стоянки была принята во внимание близость к жилым кварталам и нейтральным торговым судам. Поэтому немцы считали, что они находятся в полной безопасности, бомбардировка исключалась.
К этому же выводу пришли и англичане, но все же, исходя из сложившейся обстановки, они приняли решение нанести удар силами морской авиации. В это время на ее вооружении имелись два типа ударных самолетов: торпедоносцы типа “Свордфиш” и истребители, пикирующие бомбардировщики типа “Скуа”. Именно последние должны были бомбить “Кенигсберг”. Для налета были выделены две эскадрильи, ранее приписанные к авианосцу “Арк Ройял”. В апреле 1940 г. они базировались на Оркинейских островах.
10 апреля в воздух подняли 11 самолетов. Англичане пролетели над Северным морем, пересекли норвежское побережье. К Бергену они подошли с юго-востока. Пилоты ожидали увидеть два крейсера, но в порту находился только один “Кенигсберг”. “Скуа” зашли со стороны солнца, угол пикирования был равен 60°, высота сброса бомб 650 м, после выхода из нее самолеты уходили на запад в сторону моря. Зенитный огонь практически не велся. Через 10 минут цель была окутана дымом . По мнению летчиков, во вражеский корабль попали три бомбы. На базу не вернулись два самолета, в том числе и самолет командира 803-й эскадрильи.