Если после революции 1905 года положение в большинстве регионов России до конца 1907 года в основном стабилизировалось, то в Баку продолжал тлеть революционный пожар, тем более что его энергично раздувал местный большевистский партийный комитет, в который в конце октября 1907 года вошел Коба-Сталин. Не в последнюю очередь этим объяснялись многочисленные трудовые конфликты, которые постоянно, словно на конвейере, происходили в нефтяной промышленности Баку и к которым, как правило, был причастен Коба-Сталин. В качестве рупора он в то время использовал журнал «Гудок», который выходил в Баку как легальный орган большевистских профсоюзов. Кроме того, характерным для ситуации в Баку является следующий факт: после того как местные власти одобрили выбор делегатов от рабочих для совещания с предпринимателями по вопросу истечения срока договора о тарифах, эти делегаты месяцами имели возможность продолжать заседания и обмениваться мнениями по политическим вопросам. То обстоятельство, что в сообщениях из Баку постоянно шла речь о мероприятиях, которые были немыслимы в любом другом месте России, обратило на себя внимание Ленина и заставило его внимательнее присмотреться к большевистским лидерам, которым удалось добиться столь значительных успехов. Таким образом? в поле зрения Ленина снова, и на этот раз на более долгое время, попала личность Кобы-Сталина.
Одновременно деятельность Кобы-Сталина привлекла внимание и царской «охранки». В марте 1908 года он вместе с другом и сообщником Орджоникидзе, который впоследствии сыграет значительную роль в восстановлении тяжелой промышленности в СССР и в 1937 году умрет при таинственных обстоятельствах, был арестован и после восьмимесячного пребывания в тюрьме депортирован в Сольвычегодск Вологодской губернии.
Условия, в которых Коба-Сталин провел восемь месяцев в бакинской тюрьме, были несравненно хуже, чем в тюрьме в Батуме, где он находился с апреля 1902 года по ноябрь 1903 года. То, что делало пребывание в батумской тюрьме вполне сносным для ее обитателей, в бакинской тюрьме почти полностью отсутствовало, хотя и здесь заключенные имели возможность вести дискуссии на политические темы, даже отправлять на волю статьи для публикации в нелегальных журналах. Атмосфера в бакинской тюрьме была гнетущей, поскольку заключенные постоянно и вполне оправданно опасались шпиков и провокаторов, которыми были окружены. По этой причине среди заключенных временами возникал своего рода психоз, результатом которого были жестокие столкновения и даже убийства лиц, которых справедливо или необоснованно считали провокаторами. В источниках сообщается, что Коба-Сталин принадлежал к наиболее активным преследователям подозреваемых и, случалось, не останавливался перед тем, чтобы причинить вред невинному человеку, если тот по какой-либо причине ему не нравился. В связи с массовыми убийствами, которые производились по указанию Сталина в периоды крупных чисток 1936-38 гг., это представляется совершенно достоверным. К тому же доказан факт, что во время казней, регулярно производившихся в бакинской тюрьме, Кобе-Сталину удавалось спокойно спать, даже если жертвами становились его товарищи.
В конце февраля Коба прибыл в Сольвычегодск, однако спустя четыре месяца он совершил побег и отправился вначале в С.-Петербург, где нашел приют у рабочего Аллилуева, своего будущего тестя; затем в июле 1909 года он снова оказался на Кавказе.
После возвращения в Баку Коба-Сталин снова с головой окунулся в конспиративную деятельность, которая показалась ему тем более необходимой, что положение партии за время его отсутствия в Баку ухудшилось: численный состав уменьшился и настроение внутри большевистской партии оставляло желать лучшего. Вследствие этого подпольное движение в Баку почти замерло. К этим неприятностям добавились споры среди политических эмигрантов, находящихся за границей, которых Коба упрекал в полном непонимании условий российской действительности. Впрочем, при этом он постоянно следил за тем, чтобы нападками на эмигрантов не осложнить своих отношений с Лениным.
В марте 1910 года, в разгар подготовки всеобщей забастовки в нефтяной промышленности Баку, Коба, скрывавшийся от полиции под именем Меликьянц, был снова арестован. Ему пришлось шесть месяцев провести в тюрьме в ожидании приказа о высылке, однако все кончилось довольно благополучно: Кобе-Джугашвили предписывалось отбыть в Сольвычегодске срок, оставшийся от предыдущей ссылки. На этот раз он не пытался бежать и был освобожден в конце июня 1911 года.