Пребывание в батумской тюрьме, за исключением короткого времени, когда его переводили в кутаисскую тюрьму, длилось до конца ноября 1903 года, то есть около полутора лет. Затем на основании не снятых с него подозрений (для вынесения приговора суда явно не хватало доказательств) Коба был насильственно выслан в Сибирь, в село Новая Уда Иркутской губернии.
Пока Коба находился в батумской тюрьме, произошло событие, которому большевизм и большевики благодарны фактом своего возникновения, ибо в результате его произошел раскол Российской социалистической рабочей партии на большевиков и меньшевиков. Начало было положено в середине июня 1903 года в Брюсселе, где собрался съезд Российской социалистической рабочей партии, который советские историки называли «вторым» съездом партии, в память о первой не удав-шейся встрече русских социалистов в 1898 году в Минске. В июле 1903 года съезд по соображениям безопасности через несколько дней был перенесен в Лондон, где продолжал свою деятельность до конца августа.
Наиболее ожесточенным противником Ленина на лондонском съезде оказался русский социал-демократ Мартов, один из основателей «Искры», а позднее ставший лидером меньшевиков. Поводом для судьбоносных дебатов между Лениным и Мартовым, которые привели к расколу партии, послужили расхождения в понимании вопроса о том, следует ли требовать от членов партии активной деятельности или же только помощи и как в соответствии с этим должен быть сформулирован первый параграф устава партии. При голосовании по этому вопросу Ленин остался в меньшинстве, поскольку более умеренное предложение Мартова победило с результатом 28 голосов против 23.
Кроме того, в конце съезда возникли разногласия в связи с выборами руководящих органов партии и редакции газеты «Искра». На этот раз победу одержал Ленин, ибо его кандидаты были избраны с перевесом в два голоса (19 против 17 при 3 воздержавшихся). Собственно говоря, имел место чисто случайный результат, поскольку к концу съезда часть делегатов уже покинула Лондон. Поскольку же Ленин настаивал на своих чисто формальных правах, а меньшинство, возглавляемое Мартовым, не желало признать свое поражение, такой результат выборов повлек за собой раскол партии на большевиков и меньшевиков.
В последующее время Ленин все больше усугублял этот раскол, отводя избранному Центральному Комитету роль наивысшего авторитета в партии. Меньшевики, представляемые Лениным чудаками-индивидуалистами, придерживались мнения, что необходимо поддержать либеральную буржуазию в ее борьбе против все еще существующей в России автократии, в то время как с точки зрения Ленина всякую связь со средним классом следовало бескомпромиссно отвергать. В результате его нетерпимости меньшевики стали бойкотировать большевистский Центральный Комитет и редакцию «Искры», так что Ленин в конце концов оказался в совершенной изоляции, и ему не оставалось ничего другого, как предоставить газету меньшевикам и сконцентрировать центр тяжести собственной деятельности на развитии нелегального движения в России.
Тем временем Коба в конце ноября 1903 года, то есть в преддверии войны между Россией и Японией, прибыл к месту ссылки в Восточной Сибири. Неразбериху, царившую в Сибири перед лицом угрозы войны, он использовал для того, чтобы бежать. Пережив в пути немало приключений, в начале февраля он возвратился на Кавказ. Там он впервые услышал о расколе в партии. Вначале это известие вывело его из равновесия, однако, по-видимому, ненадолго, поскольку уже к концу 1904 года он вновь вел активную политическую работу под знаменем большевизма. Это не удивительно, потому что по своему темпераменту и складу характера Коба принадлежал к тем, кому импонировала жесткость Ленина и кто поэтому проникся его идеями. Кроме того, Сталина, видимо, привлекало то обстоятельство, что, будучи талантливым идеологом и пропагандистом, Ленин также оказался способен с абсолютной уверенностью и соответствующим авторитетом стать во главе иерархии подпольного движения. Это явно усилило доверие Кобы к нему.
За недолгой войной, которая продемонстрировала всему миру внутреннюю слабость России, последовало революционное восстание. Позже Ленин назвал его «генеральной репетицией» русской революции, нисколько не помышляя в 1905 году о том, что восстание окажется предвестником одной из величайших революций всех времен.
В событиях 1905 года Ленин вообще не принимал участия, ибо находился в это время в эмиграции в Женеве; Швейцарию он покинул лишь в конце октября и появился в С.-Петербурге в ноябре, когда всеобщей забастовке уже был дан отбой. Так Ленину пришлось на последней стадии восстания ограничиться руководством своими сторонниками из убежища.