Фонд процветал, но возникал вопрос: где проходят границы того, что выгодно фонду, а что – самому Армстронгу. Возвращение в спорт означало миллионы долларов лично для него. Например, по соглашению с Trek компания должна была выплачивать ему после возвращения миллион долларов в год. Безумная популярность позволяла ему зарабатывать только на том, что он просто появлялся в некоторых гонках: так, например, правительство Южной Австралии предлагало ему миллион долларов за гонку Tour Down Under.
Армстронг был намерен очистить свое имя от подозрений, которые продолжали на него сыпаться, и рассчитывал использовать свое возвращение как возможность заткнуть рот сомневавшимся в том, что он одерживал победы без использования допинга, и не верившим в то, что он вообще способен победить без допинга. В связи с этим он объявил о сотрудничестве команды с доктором Доном Кэтлином, ведущим экспертом по обнаружению допинга. Армстронг сообщил, что доктор Кэтлин разработает комплексную программу, чтобы доказать, что Лэнс участвовал в соревнованиях чистым. Все тесты и анализы крови должны были публиковаться на сайте www.livestrong.com
.Кэтлин казался лучшим специалистом для решения поставленных задач. Он контролировал проведение тестов на анаболические агенты на Олимпиаде-1996 в Атланте и в течение двадцати пяти лет заведовал первой в стране антидопинговой лабораторией Калифорнийского университета. Когда его нанял Армстронг, он управлял некоммерческой организацией под названием «Антидопинговое исследование», основанной для исследования новейших допинговых препаратов, которые использовались незаконно, и разрабатывал тесты для их обнаружения. Работу Кэтлина оплачивала команда, но Армстронг представлял его как абсолютно независимого исследователя.
Вскоре после объявления о своем возвращении Армстронг вместе с доктором Кэтлином провел пресс-конференцию на выставке Interbike в Лас-Вегасе. Грег Лемонд начал критиковать программу Кэтлина, сказав, что налицо конфликт интересов, ведь работу исследователя оплачивала команда, и спросил, когда Кэтлин проведет измерения максимального потребления кислорода Армстронга, его мощности и максимальной аэробной способности – факторов, которые должны были выявлять употребление допинга. Кэтлин ответил, что эти параметры в его исследовании не учитываются, и к разговору подключился Армстронг: «Пришло время для нас всех, сидящих в этом зале, двигаться дальше… Спасибо, что пришли. Следующий вопрос».
Лемонд, отстаивая свою позицию, продолжил: «Значит, вся история прошла незамеченной?» – намекая на то, что Лэнс принимал допинг на каждой из семи победных гонок «Тур де Франс».
Этот спор мало сказался на репутации Армстронга, которая была надежно защищена от любых допинговых обвинений, а вот бизнесу самого Лемонда навредил порядочно. Большинство представителей мира велоспорта к тому моменту знали, что Лемонд абсолютно прав, но его нападки на Армстронга выглядели как застарелая обида и нежелание двигаться дальше. Лемонд сменил свою неоднозначную позицию по поводу профессионального велоспорта на твердое решение справиться со всеми проблемами спорта в одиночку.
Что бы ни делал Армстронг, обвинения преследовали его. В конце 2008 года французское антидопинговое агентство бросило ему вызов. Глава агентства Пьер Бордри был убежден, что Армстронг всех обманул и вышел сухим из воды. Он предложил провести повторные анализы мочи образца 1999 года, чтобы проверить, ошибалась ли французская газета L’Équipe. Сама газета написала, что Бордри хочет стать судьей в конфликте Армстронга с их изданием, хотя и казалось, что у него уже есть сформированное мнение, потому как образцы мочи он называл не иначе как «содержащими ЭПО».
Положительные результаты этих тестов из-за срока давности не могли стать причиной отстранения Лэнса от соревнований. В любом случае французское агентство желало, чтобы Армстронг согласился провести повторный анализ. По их мнению, это было в его же интересах: если он действительно не виновен, то сможет таким образом пресечь все слухи. Тесты могли быть быстро проведены в лаборатории Бордри в присутствии представителя Армстронга, или, если он захочет, их можно было провести в любой другой лаборатории Всемирного антидопингового агентства, аккредитованного в Европе.
Армстронг от предложения Бордри отказался.
В начале 2009 года строгая и прозрачная индивидуальная антидопинговая программа Лэнса закончилась, не успев начаться. Доктор Кэтлин, даже не взяв ни одного анализа, выступил с заявлением, что по обоюдному согласию сторон было решено прекратить программу из-за ее дороговизны и сложности. Билл Стэплтон выступил со следующим заявлением: с декабря Армстронг проходил два или три анализа у Расмуса Дамсгаарда, датского исследователя, который занимался антидопинговой программой внутри команды Pro Team Astana и будет продолжать проводить анализы Армстронга в сезоне. Одновременно с этим команда наняла бывшего врача Армстронга Педро Селая.