Недостатки летающих автомобилей существенно превосходят их достоинства. Первым из них, конечно, являются конструктивная сложность и высокая стоимость, которыми приходится платить за объединение функций двух принципиально различных транспортных средств. Далее, резко усложняется проблема полезной нагрузки этих аппаратов - в большинстве построенных на сегодняшний день летающих автомобилей расчетная масса полезной нагрузки относительно мала по сравнению с мощностью силовой установки и стоимостью. Кроме того, летающие автомобили характеризуются относительно низким уровнем технических характеристик для располагаемой мощности. Ни один из созданных аппаратов этого класса не обладает характеристиками, близкими (в том числе и по экономичности) к самолетам или автомобилям такой же массы или мощности.
Еще одним недостатком является обязательность малой массы конструкции в конфигурации автомобиля, так как в конфигурации самолета аппарат все равно оказывается перетяжеленным. Без довольно тяжелого шасси, характерного для автомобилей, гибридный аппарат может получить серьезные повреждения в дорожных происшествиях, в которых обычный автомобиль практически не пострадал бы. Малая масса конструкции также резко затрудняет передвижение самолета по дорогам (особенно в том случае, если при движении по дороге крыло остается на аппарате). Сильные порывы ветра могут легко сдуть такой аппарат с дороги.
Кроме того, существует еще одна группа проблем, которые (правда, редко) обсуждаются применительно к летающему автомобилю. Это проблемы, связанные с регламентацией движения такого транспортного средства. Существующая практика состоит в том, чтобы включать в перечень требований к ним все государственные требования, предъявляемые к обоим типам транспортных средств.
Более того, в настоящее время допускаются полеты таких аппаратов только со специально оборудованных аэродромов. Законом запрещено приземляться на дороги и шоссе. Любая посадка вне пределов аэропорта может вызвать ряд проблем.
Среди других недостатков можно отметить, что ремонтные средства обыкновенного гаража не позволяют отремонтировать планер, сертифицированный двигатель самолета или какую-либо другую из его систем. Нельзя обучать кого-либо летать на таком аппарате, если в правах обучающего не проставлена квалификация летного инструктора. Кроме того, аппараты со съемным крылом, оставляемым на хранение, не могут приземлиться, проехать некоторое время по земле, а затем снова подняться в воздух. Поэтому лишь незначительное количество из созданных к настоящему времени летающих автомобилей способны нормально ездить по земле.
Наиболее простым (и на сегодняшний день наиболее популярным) подходом к решению проблемы является монтаж крыла и оперения на легкий автомобиль. В таком случае крылья являются временным вспомогательным оборудованием автомобиля. Обычно эти крылья демонтируются и остаются в аэропорту, когда автомобиль отгоняется домой. Это, конечно, является недостатком, так как требуется место в аэропорту для хранения крыльев, а также необходимо тратить время и усилия на монтаж и демонтаж крыльев и оперения. Не исключено, что для такого транспортного средства потребуется работа квалифицированных механиков, связанная с установкой и нивелировкой этого оборудования.
Некоторые из крылатых автомобилей имеют силовую установку, состоящую из двух двигателей — одного для наземной эксплуатации, а другого для летной. Это, несомненно, приводит к увеличению массы аппарата и его стоимости, а также требует применения двух видов бензина обычного автомобильного и бензина авиационных сортов (обязательно для сертифицированных летательных аппаратов). Лишь несколько аппаратов этого типа используют один двигатель для наземной и летной эксплуатации. Обычно это делается путем отсоединения воздушного винта и передачи мощности двигателя колесам. Однако и такое решение создает ряд проблем, так как требуемая для полета мощность существенно выше, чем для передвижения по земле. Более того, у самолетных двигателей воздушного охлаждения возникают серьезные проблемы охлаждения при их установке в корпус автомобиля и работе в автомобильном режиме (даже на режиме малого газа в условиях отсутствия охлаждающего скоростного напора воздуха).