Чтобы организовать эту революцию в управлении, Ли создал сеть так называемых "параполитических институтов", которые должны были служить передаточным звеном между государством и его гражданами. Общественные центры, консультативные комитеты граждан, комитеты жителей и, позднее, городские советы обеспечивали отдых, разрешали мелкие недовольства, предлагали такие услуги, как детские сады и распространяли информацию о политике правительства. НПА играла важную роль в этих институтах, стирая границы между партией, государством и народом. Например, Ли создал почти 400 детских садов, в которых работали исключительно члены НПА.
Благодаря сочетанию государственной службы и того, что Ли назвал искусной политической "уличной борьбой", ПАП уверенно укрепилась после выборов 1959 года, а затем снова после выборов 1963 года. К 1968 году Ли в значительной степени подавил своих конкурентов; оппозиция бойкотировала эти выборы, и ПАП получила почти 87 процентов голосов и все пятьдесят восемь мест в законодательном органе. После этого ЛПВ оставалась практически неоспоримой. Одним из источников ее постоянной силы была сингапурская мажоритарная избирательная система - британское наследие, которое не предусматривает голоса меньшинств. Другим источником было то, что Ли использовал правовую систему для изоляции своих политических оппонентов и ограничения недружественных СМИ. Он описывал свою борьбу с оппозиционерами как "безоружный бой без правил, в котором победитель получает все".
Ли был страстно озабочен общественным порядком. Когда он только пришел к власти, на Западе еще не возникла контркультура и общее ослабление нравов, но позже Ли будет размышлять об этом как о свободе, доведенной до крайности. Как система в целом, я считаю некоторые ее части совершенно неприемлемыми", - сказал он Фариду Закарии в 1994 году:
Расширение права человека вести себя или не вести себя так, как ему заблагорассудится, произошло за счет упорядоченного общества. На Востоке главной целью является создание упорядоченного общества, чтобы каждый мог максимально пользоваться своими свободами. Такая свобода может существовать только в упорядоченном состоянии, а не в естественном состоянии раздоров и анархии.
Когда Ли строил Сингапур, он не верил, что город-государство может стоять самостоятельно. Поэтому его основные усилия были направлены на обеспечение предстоящей независимости Сингапура от Великобритании путем объединения в федерацию с Малайей. Полагая, что "география, экономика и родственные связи" создают основу для естественного единства двух территорий, Ли назначил внеочередной референдум по вопросу объединения на сентябрь 1962 года. Чтобы сплотить население Сингапура, он в течение одного месяца провел серию из тридцати шести радиопередач: двенадцать сценариев, каждый из которых был записан на трех языках - мандаринском, малайском и английском. Его ораторские таланты обеспечили подавляющее одобрение его плана в ходе народного голосования. Год спустя, 16 сентября 1963 года - в день сорокалетия Ли - Сингапур и Малайя объединились в Малайзийскую Федерацию.
Союзу сразу же был брошен вызов изнутри и извне. Жадный до потенциала возросшей Малайзии, мечтающий об объединении малайских народов в единую страну и пользующийся поддержкой Москвы и Пекина, президент Индонезии Сукарно начал "Конфронтаси" - необъявленную войну с боями в джунглях и терроризмом, в результате которой погибли сотни людей с обеих сторон. Для Сингапура самым драматичным событием конфликта стала бомбардировка 10 марта 1965 года индонезийскими морскими пехотинцами Макдональд Хауса - первого кондиционированного офисного здания в Юго-Восточной Азии, в результате которой погибли три человека и более тридцати получили ранения.
В Малайзии многие малайские политики не доверяли Ли, несмотря на усилия ППА по снижению напряженности в Сингапуре и продвижению малайского языка в качестве национального. Они опасались, что его динамичная личность и очевидные политические таланты затмят их собственные, что приведет к доминированию этнических китайцев в новой федерации.
Малайские лидеры, выступавшие против Ли, спровоцировали жестокие этнические беспорядки в Сингапуре, сначала в июле, а затем в сентябре 1964 года, в результате которых десятки человек были убиты и сотни ранены. Предположительным поводом для беспорядков стал снос малайских деревень (кампонгов), чтобы освободить место для строительства государственного жилья, но, очевидно, здесь также действовал оппортунизм этнических шовинистов и коммунистов.
В результате, менее чем через два года после объединения, Сингапур и Малайзия снова разделились, раздираемые острой партийной и этнической напряженностью. Независимость Сингапура наступила в августе 1965 года не в результате внутренней освободительной борьбы, а в результате бесцеремонного решения Малайзии отделить своего крошечного южного соседа.