Вернемся, однако, на палубы японских авианосцев, готовых нанести удар по Мидуэю. В первой волне было 36 бомбардировщиков типа «97» и 36 пикирующих бомбардировщиков типа «99», их прикрывали 36 истребителей. Столько же самолетов осталось и на палубах авианосцев, готовых нанести удар по противнику, как только он будет обнаружен. В 6 час. 35 мин. над Мидуэем появились первые японские самолеты. Американцы знали о присутствии японцев и заблаговременно подняли свои самолеты в воздух. Качественное превосходство японских истребителей проявилось и здесь. Американские истребители были уничтожены или отогнаны. Бомбардировщики нанесли удар по аэродромам. Взлетные полосы пострадали, однако уничтожение пустых ангаров особого значения не имело.
В это время несколько американских торпедоносцев, не имеющих прикрытия истребителей, безуспешно атаковали японские корабли. Попаданий не было, а семь торпедоносцев было сбито. В 7 часов, то есть одновременно с ударом базовой авиации по японским кораблям, в воздух были подняты самолеты с авианосцев «Хорнет» и «Энтерпрайз». После нанесения первого удара по Мидуэю Нагумо принял решение повторить удар, для чего приказал заменить торпеды бомбами. Опять приказ логичен — американские авианосцы не обнаружены. Однако здесь и была совершена ошибка, на первый взгляд незначительная, техническая. Не имея времени на уборку торпед в погреба, заменяя их на бомбы, торпеды складывали тут же на палубе (скоро наступил момент, когда Нагумо, и не он один, горько пожалел об этом). Пока перевооружали самолеты, Нагумо получил наконец сообщение от самолета–разведчика об обнаружении американских кораблей. При этом ему ошибочно донесли, что авианосцев среди них нет. Тем временем ударное соединение подверглось ударам американских пикирующих бомбардировщиков с Мидуэя. Истребители прикрытия опять оказались на высоте: попаданий корабли не имели, а восемь пикировщиков было сбито. Поднявшиеся до рассвета тяжелые Б-17 с горизонтального полета (а на другое они способны не были) безрезультатно сбросили многотонный груз бомб — все мимо. Примерно в это время Нагумо узнает, что среди американских кораблей есть, возможно, и авианосец.
Для построения в боевой порядок, нарушенный в результате атак американских самолетов, и для принятия своих, возвращающихся после налета на Мидуэй, Нагумо приказал изменить курс и повернул на север. Поднятые с американских авианосцев самолеты шли курсом с учетом полученной информации от разведчиков, и никто не заметил, что японское соединение изменило курс. Произошла некоторая путаница, которая привела к тому, что японские корабли были атакованы группами самолетов разрозненно. Эта несогласованность обернулась неожиданной удачей (вот и второй «его величество случай»). Японские авианосцы последовательно атаковали торпедоносцы с «Хорнета», «Энтерпрайза» и «Йорктауна». Они не имели истребительного прикрытия и почти все были сбиты. Попаданий в авианосцы опять не было. Нагумо мог торжествовать еще одну победу и готовить удар по американским авианосцам.