В начале XVII в. на всю Белоруссию и всю южную Русь был только один православный епископ, именно львовский, а все остальные перешли в унию. По отдаленности от восточной Руси и трудности сношений с нею, православные Речи Посполитой обращались за своими духовными нуждами в Молдавию и Валахию или же к тем восточным иерархам, которые иногда приезжали в Литовское государство и временно проживали по монастырям. Но от этого происходило много беспорядков; православные сильно нуждались в собственных иерархах; в 1620 г. желание их исполнилось. В этом году, в начале марта, прибыл в Киев иерусалимский патриарх Феофан, возвращавшийся из Москвы, после посвящения московского патриарха Филарета; по пути он заехал и в юго-западную Русь, по поручению константинопольского патриарха. Гетман Конашевич-Сагайдачный, как только узнал о приезде Феофана, сейчас же обратился к нему с просьбою посвятить епископов на православные кафедры, занятые униатами. Патриарх, боясь Сигизмунда III и поляков, на первых порах отказал было в просьбе, но когда Сагайдачный и все казацкое войско объявили патриарху, что его никто не смеет тронуть, а для безопасности, на всякий случай, окружили его сильною стражею, «как пчелы матку», по картинному выражению Густинской летописи, то он согласился и посвятил шесть русских епископов, и между ними митрополита Иова Борецкого, человека с высокою душою, большою энергиею и обширным государственным умом; вообще, нужно сказать, что с этого времени на православные кафедры избирались лица с высоким образованием.
Восстановление в Речи Посполитой православной иерархии, и притом казаками, было дело великой важности в дальнейшей судьбе Польско-Литовского государства: во-первых, дело это Сагайдачного разделило сие государство, только что было сплотившееся в одно целое посредством единства религии, на две друг другу враждебные партии и, приведши которые в столкновение, было одною из главных причин падения Речи Посполитой; во-вторых, воодушевило русский народ для борьбы с поляками, давши при этом ему опору в иерархии, и, в-третьих, крепко связало православную церковь с казачеством и нравственно обязало его быть вечно защитником веры отцов против всех козней Римской курии. Правда, поляки скоро раскусили это, но уже было поздно – дело совершилось.
В 1623 г. Сагайдачный умер. Запорожцы избрали себе какого-то Жаймолу; домовитые казаки в Украйне тоже признали его своим гетманом. При нем казаки продолжали действовать так же смело, как и при Сагайдачном. Два года спустя после смерти Сагайдачного, именно в 1625 г., казаки отправили своих депутатов на Варшавский сейм, с требованием признать законными посвященных патриархом Феофаном иерархов для православных жителей Речи Посполитой, а также удалить униатское духовенство от церквей и церковных имений и уничтожить все стеснительные постановления против казаков и не ограничивать их числа. В то же самое время явившиеся депутаты изложили на сейме все те обиды, которым православные подвергались в Речи Посполитой. «У нас, – между прочим говорили казацкие депутаты, – отбирают церкви, таскают православных без всякой вины по судам, отдаляют их от цеховых ремесел, сажают в тюрьмы священников и там бьют их палками». Жаловались и на то, что православные дети вырастают без крещения, молодые люди живут без венчания и умирающие отходят в вечность без покаяния. В заключение депутаты просили, чтобы все православные сравнены были в своих правах с католиками и униатами. Но на все эти заявления и просьбы казацких депутатов сейм не обратил никакого внимания и просьбу оставил без последствий. После этого казаки решились с поляками разделаться по-своему. Прежде всего они стали нападать на лиц, более других содействующих распространению унии, и убивать их до смерти; а затем набросились на католическое духовенство и костелы. Ксендзов и прелатов казаки мучили без милосердия: они их душили, топили, вешали и расстреливали, а костелы грабили и сжигали. Панам-католикам также не было пощады, но больше всего досталось жидам: жидам, попавшим в руки казаков, нельзя было умолить их ни слезами, ни откупиться золотом; их по большей части вешали, так как казаки знали, что жиды больше всего боялись этого рода смерти. Наконец, казаки выбрали депутацию, во главе которой поставили луцкого епископа Исаака Борисковича и с благословения митрополита отправили в Москву с ходатайством пред царем Михаилом Феодоровичем и его отцом патриархом Филаретом о принятии Малороссии и запорожских казаков под покровительство Российской державы. В Москве этим были очень довольны, но нашли пока еще неудобным слишком серьезно взяться за сие важное дело, а потому ответили депутатам так: «Мысль эта у вас самих еще вполне не утвердилась; укрепления об этом между вами еще нет; так теперь сие дело пока начать нельзя; а если будет между вами соединение и укрепление о сем, то царскому величеству и патриарху дать знать».