Князь Шаховской своими кроткими и гуманными мерами во внутреннем управлении внушил к себе такую любовь и такое доверие, что разбежавшиеся католики и униаты вернулись опять в город, который в короткое время успокоился и принял свой обычный вид. Но в это время посетила Вильну чума; от нее, как говорят, погибло больше половины населения города.
С занятием русскими войсками Литвы и Белоруссии, а шведскими собственно Польши, положение Речи Посполитой сделалось отчаянным. Для спасения своего погибающего отечества поляки решились сначала помириться, ценою каких бы то ни было уступок, с самым страшным и грозным врагом, царем русским. С этою целию они обратились к германскому императору Фердинанду III с просьбою взять на себя ходатайство пред Алексеем Михайловичем о мире. Германский император принял просьбу поляков и через своих послов действительно обратился к русскому царю с предложением заключить мир с поляками. После долгих колебаний царь согласился помириться. 3 июня 1656 г. в г. Вильне и был заключен мир между русскими и поляками. В силу этого мира московский царь признан был, во-первых, наследником Речи Посполитой; во-вторых, к Московскому государству присоединялась Белоруссия и Малороссия; в-третьих, наконец, дано слово уничтожить унию. К заключению мира русских с поляками, кроме ходатайства германского императора пред русским царем, побудило еще и то, что шведский король Карл X, завладевши Познанью, Краковом и Варшавою, стал заявлять притязание и на те города Речи Посполитой, которые уже принадлежали русским по праву завоевания.
Весть о мире Алексея Михайловича с поляками дошла до Хмельницкого, который в это время лежал больным в Чигирине, и страшно его поразила. Он немедленно послал к Алексею Михайловичу своих послов с собственноручным письмом, в котором умолял царя не заключать мира с поляками. Но старый гетман не дождался возвращения своих послов от царя: 15 августа 1657 г. он скончался в Чигирине. 30 августа тело его при колокольном звоне и пушечных выстрелах привезено было в Суботово. Когда гроб с телом гетмана опускали в землю, то казаки подняли такой плач, что заглушили им и звон колоколов, и пушечные выстрелы. «То не ветры осенние в дубраве бушуют, то плачут и воют казаки, погребая батьку своего, старого гетмана Хмельницкого!» – поет одна народная дума. Впоследствии Чарнецкий вынул из могилы гроб Хмельницкого и тело человека, потрясшего могущество Польши, куда-то забросил.
Заключивши мир с Польшею, Алексей Михайлович двинул свои войска против Карла X. Сначала поход на шведов был удачен для русских, но потом счастье им изменило, и они, проигравши несколько битв, в 1661 г. в г. Кардисе (Лифляндской губ., Дерптского уезда) заключили с шведами мир.
Но в то самое время, когда русские вели войну с шведами, поляки успели оправиться и притом настолько, что объявили войну русским. Таким образом, произошла новая борьба между русскими и поляками; но на этот раз она была не вполне удачна для русских, как это было в первый раз.
Поляки, объявивши русским войну, собрали значительное войско и под начальством Гонсевского напали на русскую армию, находившуюся со времени отъезда Алексея Михайловича из Вильны около сего города, в предместье Верки, под командою воеводы Долгорукого. 11 октября 1658 г. около Верок между русскими и поляками произошла первая битва, которая кончилась поражением поляков, причем и сам Гонсевский попался в плен и был отослан Долгоруким в Москву. Но Долгорукий не воспользовался своею победою: вместо того, чтобы укрепить Вильну и, засевши в ней, ждать подкрепления, он оставил в городе небольшой гарнизон под начальством Шаховского и удалился по направлению к Москве. Шаховской более года мужественно отбивался от нападений поляков, пока не был вызван в Москву. Оставляя Вильну, он передал начальство над русским гарнизоном боярину Мышецкому, человеку в высшей степени стойкому, храброму и обладавшему железною силою воли.
В марте месяце 1661 г. под стенами Вильны явился литовский гетман Михаил Пац. На Страстной неделе он задумал было вступить в самый город, но на улицах его встретили русские из гарнизона Мышецкого и начали с ними убийственную резню. Более десяти часов продолжалась эта резня, пока русские, подавленные численным превосходством поляков, не удалились в верхний и нижний замки и не засели там.