Восемь месяцев еще держался Мышецкий в виленских замках, не падая духом и неутомимо работая над поддержанием и развитием укреплений замков. Начались приступы, Мышецкий мужественно отбивал их. Но ясно было, что, несмотря на его сверхъестественную силу и энергию, он не в состоянии будет долго продержаться, так как у него осталось всего 80 человек. Тем не менее на требование сдаться он ответил, что скорее умрет голодною смертию, чем это сделает. Король велел готовиться к новому приступу, и притом самому энергическому. Узнавши об этом, Мышецкий приказал вкатить в свою комнату 10 бочек пороху, с тем чтобы, в случае овладения замками, взорвать немедленно на воздух и себя, и своих товарищей по защите. Но этого ему не удалось исполнить: нашлись изменники, которые за обещанную награду связали Мышецкого по рукам и ногам и выдали Яну-Казимиру. Одна из русских летописей сохранила даже и имена сих изменников: Ивашка Чемиха, Антошка повар и Сенька подьячий. Когда Мышецкого привели к Яну-Казимиру, то он не поклонился королю; сконфуженный король сейчас же удалился из той комнаты, где был Мышецкий; вместо себя он прислал Паца, чтобы спросить Мышецкого, какое он желает испросить милосердие от короля? «Никакого», – отвечал герой. «Тебя казнят», – сказали ему поляки. «За что? Ужели за то, что я свято исполнил свой долг, защищая честь своего государя? Да я в этом клялся животворящим крестом!» – сказал Мышецкий. Слова эти показались слишком дерзкими; его предали военному суду, который приговорил Мышецкого к смертной казни. Это было в 1661 г. 28 ноября. Иезуиты упросили отложить казнь на два дня; они думали употребить это время на увещание его принять католичество; но, несмотря на все увещания и даже застращивания лютыми пытками, Мышецкий остался верен православию. 30 ноября под сильным конвоем привели Мышецкого на площадь и поставили на эшафот. Пред самою казнию Мышецкий попросил палача, чтобы тот дозволил ему помолиться; палач дозволил. Мышецкий помолился на церковь, затем поклонился на все четыре стороны и сделал три земных поклона по направлению к тому дому, где жил Ян-Казимир; когда же ему заметили, что теперь короля нет в доме, то Мышецкий ответил: «Это все равно, лишь бы Бог видел, что я прощаю короля и прощаюсь с ним заочно». Собственный повар Мышецкого, перешедший к полякам и принявший католичество, отрубил ему голову. Тело Мышецкого похоронено было в Свято-Духовском монастыре.
Смертию Мышецкого кончилось господство русских в Вильне, где оно продолжалось пять или шесть лет. Алексей Михайлович не мог подать помощи Мышецкому вследствие внутренних смут в своем собственном государстве.
Таким образом, после нарушения поляками Виленского договора, состоявшегося 3 июня 1656 г., дело русских в собственно Литве кончилось, как мы видели, полною неудачею. Что же касается Малороссии, за которую собственно и началась борьба, то и там течение дел приняло не вполне благоприятный оборот для русских. В Малороссии по смерти Богдана Хмельницкого власть над казаками захватил генеральный писарь Иван Выговский. Сделавшись гетманом, он изменил русским и перешел на сторону поляков; мало того, Выговский в 1659 г. даже напал на один из русских отрядов, предводительствуемый Трубецким, и под Конотопом разбил его наголову. Но Выговский, впрочем, недолго был гетманом: русская партия (там было их две – русская и польская) скоро взяла верх, лишила его власти и вместо него избрала гетманом сына умершего Хмельницкого – Юрия Хмельницкого, затем малороссийское казачество снова признало власть Москвы.
Между тем поляки, покончивши с русскими в собственно Литве, под предводительством двух очень искусных полководцев, Чарнецкого и Любомирского, двинули сильную армию в Малороссию, чтобы и оттуда выгнать русских, находившихся в это время там под начальством Шереметева. Двигаясь в Малороссию против русских, Чарнецкий и Любомирский не сомневались в успехе, как это видно теперь из их собственноручных писем, потому что там было много доброжелателей Речи Посполитой и ее социально-государственного устройства, особенно между казаками-дворянами; притом польским полководцам известно было, что Шереметев, главный начальник всех русских войск в Малороссии, не пользовался уважением даже среди русского населения страны; это был человек высокомерный, суровый и даже жестокий; своими незаконными действиями он навлек на себя ненависть почти всей Малороссии.
По прибытии в Малороссию Чарнецкий и Любомирский прежде всего напали на Юрия Хмельницкого. Битва произошла 7 октября 1662 г. Во время этой битвы сын Богдана Хмельницкого обнаружил полнейшую бездарность и вдобавок такую трусость, что первый бросил поле битвы и побежал куда глаза глядят; затем он вступил в переговоры с поляками, передался на их сторону, причем отказался от гетманства и спустя два года постригся в монахи.