Опыт первой советской оккупации и репрессии первых дней второй оккупации, бесчинства Смерша и начавшаяся мобилизация во время продолжающейся Второй мировой войны заставляли литовских мужчин прятаться и уводили их в леса. Политические заявления лидеров организаций антинацистского сопротивления относительно возможного вооруженного сопротивления не были бессмысленными и безнадежными — мирная конференция и ее решения в отношении оккупированных стран не могли быть пустыми надеждами. Это рассматривалось как идеальная возможность повторить 1918 год, только, как и тогда, необходимо было проявить свою волю и предъявить претензии. Маловероятно, что во время войны существовал лучший и более рациональный способ сделать это, как взяться за оружие. Позже, когда надежды на международные мирные конференции и освободительную миссию Запада угасли, многие из скрывающихся выбрали легализацию своего статуса. Репрессии против тех, кто пытался легализоваться (некоторые делали это, желая перехитрить систему и жить легально, чтобы продолжать работать в подполье, в то время как другие хотели спасти свои семьи от террора) показали, что такой путь был безнадежен. Стало очевидно, что нужно адаптироваться, а также сотрудничать с системой. Сотрудничество в данном случае означало, что поколение, повзрослевшее и сформировавшееся в межвоенный период, должно было не только принять, но и своими руками разрушить все, что составляло основу его существования — сообщество с его уникальным образом жизни, верой и человеческими отношениями. Естественно, часть нации (первоначально большая, позже уменьшившаяся) не приняла предложение и так и не стала советскими гражданами. Значение вооруженного сопротивления стало еще более очевидным в духовном, этическом плане. Партизаны хотели оставить свое стремление к свободе Литве в будущем, полагая, что даже по прошествии многих лет свобода для литовцев будет такой же важной и дорогостоящей ценностью, которую нужно защищать, как и для них самих.
Стратегической целью литовских партизан было восстановление независимого литовского государства. Однако было хорошо понятно, что они не смогут сделать это только своими силами. Роль международного сообщества в восстановлении свободы Литвы отнюдь не была преувеличена, это считалось последним шансом. Наличие структуры вооруженного сопротивления в стране понималось как активная позиция литовцев и возможность участия в возможном вооруженном конфликте между бывшими союзниками. Сопротивление опровергло миф о добровольном вхождении Литвы в состав Советского Союза, но партизанская борьба стала сильным аргументом для советской пропаганды, которая якобы распространяет теории «нацистских коллаборационистов», «классовой борьбы» и «гражданской войны». Важнейшей задачей этих теорий было исключить факт оккупации, рассматривать все как гражданский конфликт между литовцами.
Вооруженное сопротивление было не единственным фактором, оказавшим некоторое влияние на национальный состав населения Литвы (в первую очередь в сельских районах Литвы). Положения «Партизан» в отношении колонистов были строгими и недвусмысленными. Это было продемонстрировано решительными действиями, когда в 1947 году в деревне Опшрутай в Вилкавишкисском районе по приказу руководства Таурасского района были убиты около 30 русских колонистов (которые жили в домах депортированных, имели оружие и активно сотрудничали с репрессивными структурами). Это должно было оказать определенное влияние на расселение советских мигрантов в деревнях и небольших городах, учитывая, что даже после завершения коллективизации жизнь здесь была относительно лучше, чем в России и Белоруссии.
Подавление сопротивление
Масштаб сопротивления в Литве был настолько велик, что Советам пришлось задействовать огромные силы, чтобы сломить его. В борьбе с партизанами использовались определенные методы борьбы, привезенные чекистами в Литву и уже опробованные против русских и украинских крестьян, народов Средней Азии и Северного Кавказа. Были предприняты действия в двух направлениях: 1. усиление репрессивного аппарата, который действовал в течение всего сталинского периода с использованием особо жестоких методов (расстрелы, пытки на допросах, массовые депортации и т.д.); 2. попытки деморализовать нацию путем вовлечения все большего и большего числа людей в создание советского общества и государства. Этих целей захватчикам было легче достичь в городах, где государство, отменив частную торговлю и производство, стало единственным работодателем. Относительная независимость крестьянства была уничтожена в 1949-1951 годах путем объединения его в колхозы.