Коммунистическая партия, взявшая в свои руки как исполнительную, так и законодательную власть, отвечала за все методы установления оккупационного советского режима в Литве, как поддерживаемые оружием, так и якобы мирные. Центральный комитет ЛКП [Б], возглавляемый фанатичным, а также довольно умным, требовательным и активным Антанасом Снечкусом, был очень лоялен Москве и старательно выполнял все самые жесткие инструкции захватчиков. Однако Москва не полностью доверяла LCP [B], поэтому с 11 С ноября 1944 по 24 марта 1947 года в Литве действовало Литовское бюро AUCPIB]. Последний обладал неограниченными полномочиями, он подготовил и утвердил все важнейшие документы того времени, а не только те, которые регулировали борьбу с национальным сопротивлением. Позже Литовское бюро AUCP [B] передало многие из своих полномочий бюро ЦК LCP [B].
Коммунистическая партия при содействии репрессивных структур СССР — НКВД и НКГБ (с 22 марта 1946 года переименованных в МВД и МГБ), их соответствующих комиссариатов (министерств) в Москве и их филиалов в Вильнюсе организовала подавление литовского сопротивления. Для надзора за деятельностью репрессивных структур в Литве Москва назначила высокопоставленных чиновников — генерал-полковников — НКВД (МВД) заместителем министра Аркадия Апоионова (до 2 апреля 1948 года) и заместителем народного комиссара НКГБ Богдана Кобулова. Оба они, особенно Апойонов, часто посещали Литву и подписали многочисленные директивы относительно уничтожения литовского национального подполья. Когда советских репрессивных структур не было в Литве, они находились под командованием НКВД и уполномоченного НКГБ в Литве лейтенанта. Gen. Иван Ткаченко, жестокий чекист и великим интриганом, который удалось снять Александрас Гудайтис-Гузевичюс с поста наркома в ЛССР НКГБ, а в 1946 году даже пытался удалить Снечкус снят со своего поста.
Партизаны были самым большим препятствием на пути установления советской системы в Литве. После их ликвидации надеялись с помощью пропаганды, экономического давления и другими способами быстро превратить народ Литвы в советских людей. Глава Литовского бюро AUCP[B] Михаил Суслов, выступая на 4-м пленуме ЦК ВКП(б), призвал к скорейшему разгрому подполья. Его приказы были видны во всех решениях бюро и пленумов ЦК ВКП(Б). Различные органы Коммунистической партии продолжали указывать на методы подавления стратегического сопротивления, особенно партизанского движения (усилить взаимодействие между репрессивными органами и гражданским правительством; сочетать репрессивные меры с политическими и экономическими; подорвать основы партизан путем ареста и депортации их сторонников; активизировать работу с агентурой; нанести удар по партизанам, имея точные данные об их местонахождении, и т.д.). Однако очень часто допускались ошибки, особенно в указании сроков разгрома партизан. Обычно решениями Коммунистической партии органам безопасности отводилось два-три месяца на выполнение этой задачи. Последний документ бюро ЦК ВКП(б) по этому вопросу был принят 31 декабря 1953 года, когда вооруженная борьба подходила к концу. Оно было озаглавлено «За усиление мер по борьбе с националистическим подпольем и остатками его банд в республике».