Согласно военной тактике, все движение сопротивления можно разделить на два неравных периода: с 1944 по середину 1946 года (до отмены военного положения в Литве) и с 1946 по 1953 год. В течение первого периода советские солдаты вели себя очень жестоко: они начинали стрелять при малейшем подозрении — такое поведение, а также жестокие методы, используемые советскими службами безопасности, спровоцировали многих людей взять оружие и защищаться. Во время второго периода оккупационная армия нанесла большинство ударов по тем, кто фактически противостоял им. приказы, призывающие чекистов и вообще всех советских солдат к бездумной жестокости, исходили от высших советских репрессивных структур. В сентябре 1944 года заместитель народного комиссара НКВД СССР Сергей Круглов посетил Литву и созвал большое совещание руководителей репрессивных структур, на котором, выступая от имени Иосифа Сталина и Лаврентия Берии, он приказал им действовать без всяких сантиментов и милосердия. Два его приказа имели особенно трагические последствия: расстреливать любого убегающего, даже безоружного, и уничтожать усадьбы, где были обнаружены партизаны, считая такие усадьбы вражескими укреплениями. Следовательно, недостатка в приказах о воинских преступлениях не было. Например, 1 августа 1945 года в деревне Швендряй в Шяуляйском районе кордона (воинская часть численностью 25-35 солдат) командир лейтенант. Липин приказал солдатам двух кордонов 1-го батальона объединенного 217-го пограничного полка ленинградских войск НКВД фронтов тыла привести местных жителей в свой дом, произвести выстрелы по его окнам и поджечь дом. После возвращения с этой операции ее участники написали записку, в которой говорилось, что они застрелили четырех партизан, пять партизан погибли во время пожаров в зданиях, сгорели два дома и конюшня и так далее. Считается, что по крайней мере треть, а может быть, и половина из 12 213 человек, которые были расстреляны чекистами, силами НКВД и стрибаи в 1944-1945 годах были не партизанами, а безоружными гражданскими лицами, в основном мужчинами, скрывавшимися от призыва в Красную Армию. Усадьбы сжигались по всей Литве до 22 июня 1946 года, когда по приказу Барташюнаса массовые сожжения (как «упрощенный метод борьбы») были отменены. Было указано, что «было бы уместно блокировать и удерживать в окружении до тех пор, пока они не израсходуют все свои патроны на партизан, окопавшихся на фермах, или не появится какая-либо другая возможность ликвидировать их. Усадьбы следует поджигать только в исключительных случаях, когда все меры по поимке или ликвидации окопавшихся бандитов были исчерпаны или когда блокирование или другие меры привели бы к ненужным для нас жертвам.
Дата
Убитые партизаны и мирные жители
Октябрь 1944 г.
39
Ноябрь
265
Декабрь
2056
Январь 1945 г.
1207
Февраль
1301
Март
1030
Апрель-15 мая
1613
Июнь
1135
Июль
1436
Август
710
Сентябрь
416
Октябрь
238
Ноябрь
247
Декабрь
343
Общее количество
12 036
Общее количество (согласно отчетам)
12 266
Народ Литвы в своих воспоминаниях упоминает тысячи случаев, когда невинные люди, не участвовавшие в сопротивлении, страдали от чекистов, солдат и стрижей. Однако сами контрразведывательные службы репрессивных структур, особенно СМЕРШ (аббревиатура расшифровывается как «СМЕРт шпионам», то есть «Смерть шпионам» по-русски), раскрыли некоторые преступления чекистов и войск НКВД. Было подозрение, что чекисты лишь имитировали борьбу с «бандитами», они часто расстреливали совершенно невинных людей, представляли их как «бандитов», получали награды, в то время как партизаны оставались здоровыми, и их число даже увеличивалось. Солдаты НКВД МВД (MGB) и стрибай получал денежные премии (300-600 советских рублей офицерам и 50-300 советских рублей рядовым и сержантам) за «ликвидированных» (убитых или арестованных) партизан, различные подарки (очень часто часы), повышался в звании и награждался орденами и медалями. Финансовой разницы в размере наград за убитого или арестованного партизана не было. Только примерно с 1948-1949 годов партизан, захваченных живыми, начали ценить, ожидая вымогательства у них какой-то информации.
Год
1946
1947
1948
1949
1950
1951
1952
1953
Итого
Партизан
2143
1540
1135
1192
635
590
457
198
7890
убито