В 1945-1947 годах Бюро ЦК ВКП(б) приняло более 40 решений по вопросам, связанным с борьбой с партизанами в различных районах. Существующая ситуация в некоторых районах обсуждалась несколько раз (Мариямполе — 6, Алитус и Лаздияй — по 5, Биржай, Паневежис и Тракай — по 3 и т.д.). В свою очередь, районные партийные комитеты обсудили политическую ситуацию в районах и сельских округах, особенности партизанских нападений и борьбу с ними в своих районах и приняли решения с инструкциями о том, что должны делать партия и репрессивные службы.
В феврале 1947 года организация борьбы с теми, кто думает иначе, была передана в руки МГБ. В течение всей сталинской эпохи количество сотрудников репрессивных структур в Литве постепенно увеличивалось: в системе МВД в 1946 году их было 1581, в июле 1947 года — более 11 500 сотрудников; в 1946 году в НКГБ (МГБ) было 1311 сотрудников, в 1948 году — 2300; в то время этнических литовцев было всего 3.......................7% высокопоставленных чиновников репрессивных структур. Сотрудники службы безопасности должны были систематизировать имеющиеся данные, информацию, полученную во время допросов и от агентов, и разработать планы ареста (изоляции) или уничтожения центров сопротивления и отдельных лиц. Было очень много агентов и информаторов — 1 ноября 1952 года, когда была проверена агентурная сеть и были удалены менее полезные, неактивные 20 726 агентов, в Литве их все еще было 7771. Некоторые из этих завербованных агентов работали совсем немного, но плоды их деятельности были ужасны. В 1947 году уже 64 процента партизан были убиты после того, как их предали. Позже почти все партизаны были убиты после предательства.
Другим важным источником информации для чекистов были допросы задержанных. Большинство политических заключенных подвергались различным пыткам. Захваченного живым партизана часто допрашивали и пытали непосредственно на месте его ареста. Партизаны знали, что их могут ожидать особо изощренные пытки, они боялись предать своих боевых товарищей. Таким образом, даже в 1947-1950 годах, когда СССР отменил смертную казнь, многие из них, оказавшись в безнадежных ситуациях — окруженные в своих бункерах или раненые в бою и не имеющие возможности отступить, — застрелились или взорвали себя. Смерти людей во время пыток были замаскированы в чекистских документах, такие смерти были официально представлены как смерти из-за сердечной недостаточности, самоубийства или стрельбы при попытке к бегству.
Некоторые советские партийные боссы, особенно прокуроры, опасаясь, что необузданный террор может нанести ущерб укреплению Советов в Литве, пытались, по крайней мере, обуздать его. Только за серьезные преступления (незаконные расстрелы и убийства, изнасилования и грабежи) в 1945 году перед военными трибуналами предстали 328 офицеров органов безопасности и армии, сержантов и рядовых. Прокурор С. Гримович написал, что сотрудники МГБ не знают литовского языка и, следовательно, пытаются компенсировать скудные результаты своей работы массовыми арестами и пытками.