В начале партизанской войны (с 1944 по первую половину 1946 года) в Литве действовали различные силы НКВД. Литва несколько раз подвергалась опустошениям со стороны восьми или девяти пограничных полков 3-го Белорусского фронта, 1-го Прибалтийского фронта и ленинградских войск НКВД фронтов обороны тыла. Во время Второй мировой войны этот тип войск НКВД следовал за линией фронта, арестовывая или ликвидируя дезертиров из Советской Армии, а также немецких солдат, шпионов, диверсантов и всех других подозрительных лиц. После того, как эти полки прибыли в Литву, они немедленно начали сражаться против тех, кто сопротивляется советской оккупации. Им помогали шесть других пограничных подразделений, с февраля 1945 года стоявших на страже государственной границы (охранялась не только литовско-польская граница, но и граница Восточной Пруссии), вместе они также сражались с партизанами.
С 1 августа 1944 года четыре полка 4-й стрелковой дивизии НКВД под командованием генерал-майора А. Павел Ветров действовал на суше (эта дивизия выросла до 10 полков в 1946 году, но позже была сокращена до восьми полков). Несколько других вспомогательных полков войск НКВД (для конвоев и защиты железных дорог) были развернуты в Литве. Во время наиболее ожесточенных боев большое количество военнослужащих было переброшено в Литву из Латвии, Белоруссии и Москвы.
Вероятно, наибольшее количество сил НКВД — до 20 000 военнослужащих — базировалось в Литве летом 1945 года, когда Советы, пытаясь сломить волю литвы к сопротивлению, применили большой террор и убийства. В 1946 году там было около четырнадцати тысяч солдат, позже — до 1951 года — около десяти тысяч. Силы НКВД сражались с партизанами, в основном в сельской местности. В городах подразделения Красной Армии (с февраля 1946 года — Советской Армии), которых в Литве было много (в 1946 году было расквартировано не менее девяти дивизий), в основном гарантировали спокойствие захватчикам и коллаборационистам. Некоторые подразделения до лета 1946 года, когда в Литве было отменено военное положение, много раз участвовали в боях с партизанами, помогали чекистам.
Убедившись, что стрибайские группировки и вооруженные активисты, то есть гарнизоны местных коллаборационистов, не в состоянии защитить центры сельских округов (сельские районы до 1949 года почти всегда находились в руках «лесных братьев»), в соответствии с приказом от 26 марта 1946 года министра МВД ЛССР Юозаса Барташюнаса, в центрах населенных пунктов были размещены более 200 гарнизонов, состоящих из так называемых внутренних войск МВД и пограничников. районы и сельские округа (в то время насчитывалось 26 районов и 267 сельских округов). Большинство гарнизонов были немногочисленными — размером со взвод (15-25 солдат) и создавались не столько для борьбы с партизанами, сколько для защиты от них сельских районных центров. Позже, когда обстоятельства боя изменились и силы НКВД стали более мобильными, количество гарнизонов постепенно сократили — с начала 1946 года уменьшили почти в три раза — сосредоточив солдат в районных центрах.