В 1948-1949 годах антицерковная кампания, проводимая советским правительством в Литве, сопровождалась массированной атеистической пропагандой; было заявлено, что с момента введения христианства в Литве деятельность Церкви была враждебна интересам нации. Наиболее ярким примером такой пропаганды стала книга «Реакция каталику двасишки» — amzinas lietuviu tautos priesas («Реакционное католическое духовенство» — вечный враг литовской нации») Юозаса Жюгжды. Многие статьи, появлявшиеся в периодической печати в 1948-1953 годах, также были направлены против Папы Римского и Ватикана. Отстранение от священства учителя семинарии Йонаса Рагаускаса широко использовалось в целях антирелигиозной пропаганды.
Стремясь ослабить Церковь, в 1948-1949 годах советские власти пытались разрушить ее иерархическую структуру. Поощрялось неповиновение простых священников администраторам епархий и предпринималась попытка организовать независимую от Ватикана, так называемую национальную Церковь. Хотя советскому режиму не удалось создать национальную церковь, духовенство Литвы официально не могло иметь никаких контактов с центром Вселенской Церкви. связаться со Святым Престолом без ведома правительства были расценены как «шпионаж в пользу Ватикана», и связные были безжалостно наказаны. Например, попытки преподобного Пранаса Рачюнаса как «агент Ватикана» был приговорен к 25 годам исправительно-трудовых лагерей в Сибири за встречу в Москве весной 1947 года с капелланом посольства США и пастором единственной действующей католической церкви в Москве Джорджем Антонио Лабержем, которому он рассказал о трудностях, с которыми сталкивается Церковь в оккупированной Советским Союзом Литве, и попросил его стать посредником, чтобы получить одобрение Папы на хиротонию новых епископов в Литве.
Советское правительство также побудил отказаться от планов создания национальной церкви в Литве тот факт, что в конце 1949 года духовенство, которое имело тенденцию приспосабливаться к навязанным условиям режима, уже управляло всеми епархиями в Литве. В 1949 году после арестов администраторов епархий Вилкавишкиса и Кайшядориса, капитулы этих епархий были вынуждены избрать каноника Юозапаса Станкявичюса своим главой. В том же году был арестован администратор Тельшяйской епархии каноник Юстинас Юодайтис и был заменен контролируемым каноником Петрасом Мажелисом, в то время как епископ Палтарокас подчинился требованию правительства переехать в Вильнюс и управлять вместе с Паневежисской епархией частью Вильнюсской архиепархии, которая находилась на территории ЛССР.
CARC, который в первую очередь заботился об эффективном контроле за деятельностью религиозных учреждений, а не об их быстром разрушении, поскольку, по его мнению, это вызвало бы ненужное недовольство верующих, но сама вера осталась бы живой, в любом случае не всегда одобрял слишком радикальные действия антицерковной политики, проводимой в Литве в 1948-1949 годах. Более того, в конце 1940-х годов, когда международное положение Советского Союза ухудшилось, было предусмотрено включение в пропагандистскую кампанию за мир, которая должна была замаскировать агрессивную внешнюю политику СССР, священнослужителей всех конфессий, включая католическую церковь. Выступления за мир также должны были деморализовать оставшихся в лесах партизан. По всем указанным причинам антицерковная политика в Литве была смягчена в начале 1950-х годов, положение Церкви стало более стабильным: репрессии против священнослужителей ослабли; закрытие церквей было прекращено; представителю CARC пришлось отказаться от планов по подрыву иерархии.
Военнопленные Германии и его союзники в Литве в 1944-1949 годах
В конце войны между СССР и Германией в Литве были созданы лагеря для военнопленных Германии и ее союзников. Они предназначались для охраны заключенных и использования их для принудительного труда при восстановлении разрушенных городов или других объектов. По мнению Кремля, использование заключенных для принудительного труда в Советском Союзе было равно немецким экономическим репарациям — компенсации за потери, понесенные во время войны. Запад не одобрял эту политическую позицию, но и не пытался выразить более сильное несогласие со Сталиным. Военнопленные, хотя им и не был вынесен приговор, остались обреченными на забвение и долгие годы в плену. С точки зрения международного гуманитарного права руководители репрессивных органов Советского Союза, вообще говоря, придерживались Женевской конвенции 1929 года об обращении с военнопленными. Однако в 1944-1946 годах из-за очень тяжелых экономических и природных условий заключенные испытали много лишений: многие из них заболели, около трех тысяч умерли, большинство из них голодали; администрация лагеря и начальники хозяйственных подразделений использовали плохо оплачиваемую рабочую силу в своих целях. Коррупция, растраты и воровство были безудержными; советские власти постоянно нарушали права и свободы военнопленных.