С 1950 года в статистических сводках действующих молитвенных домов и священников, подготовленных Б. Пушинисом, количество зарегистрированных католических церквей стабилизировалось на уровне 670, и это означало, что официально были закрыты только 42 церкви. Однако до этого времени реальная цифра закрытых церквей и часовен была в два раза больше (позже Антанас Снечкус проинформировал ЦК КПСС, что в 1945-1960 годах было закрыто 136 действующих церквей). В 1948 году 42 все еще действующих католических монастыря в Литве также не получили регистрационных документов. Согласно советской пропаганде, религиозные ордена были «паразитическими очагами, распространяющими реакционные мировоззрения», а монахи-священники были еще большими «религиозными фанатиками», чем обычные священники, и поэтому более опасны для режима. Монахам-священникам не разрешалось работать в приходских церквях, преподавать в духовной семинарии, поэтому большинство из них подписали заявления о том, что покидают монастыри. Более того, власти начали требовать с монастырей огромные налоги за жилые помещения, отнимать у них источники существования, в результате чего оставшиеся монахи и монахини (около 1400 человек) были вынуждены распуститься.
Избыток священников, образовавшийся после того, как некоторые из них были изгнаны из крупных городов и фактического закрытия около 100 церквей, был быстро поглощен машиной сталинских репрессий, работавшей на максимальную мощность в 1948-1949 годах. Это подтверждается данными, представленными в таблице. Четко выделялись две волны репрессий против священников: 1) с конца 1944 по начало 1946 года (в том году было осуждено 118 священников); 2) с середины 1948 по 1950 год (в 1948-1950 годах было осуждено 173 священника).
Год 1944 1945 1946 1947 1948 1949 1950 1951 1952 1953 Всего.
Приговоренные священники 5 58 57 41 22 91 60 17 6 7 364.
Большинство репрессированных священников состояли из тех, кто не хотел мириться с ограничениями, налагаемыми режимом на церковную деятельность, или отказывался работать на советские спецслужбы. Изначально, в основном с помощью агентов, был собран «компрометирующий» материал, который позже использовался для шантажа духовенства. В январе 1949 года в отделе «О» МГБ ЛССР, отвечавшем за контроль за деятельностью религиозных организаций, было 145 агентов и осведомителей, которые следили за деятельностью 201 человека. Особенно радикальными были представители местных властей, предлагавшие внести всех священников в списки кулаков и депортировать. Этого сделано не было, но студенты священнических семинарий, семьи которых были депортированы, часто включались в списки депортированных. В 1950-1953 годах были репрессированы профессора Каунасской духовной семинарии, которые учили своих студентов быть верными Церкви и осмеливались критиковать антицерковную политику советского правительства: ректор семинарии Августинас Вайтиекайтис (занимал эти должности с 1947 года), а также профессора Юозас Грубляускас, Антанас Круша, и известный католический философ периода между мировыми войнами и активист католической молодежной организации Атейтининкай прелат Пранас Курайтис. Священнослужители других конфессий также не избежали репрессий. В 1948 году был арестован председатель Высшего совета старообрядцев Иван Романов, а в 1949 году — президент консистории Лютеранской церкви Литвы Эрикас Лейерис.
Количество священников в Литве сократилось не только из-за репрессий, но и из-за препятствий правительства в подготовке новых священников. После принятия весной 1941 года решения о закрытии всех священнических семинарий в Литве, правительство ЛССР, тем не менее, решило в 1945 году разрешить Каунасской священнической семинарии функционировать. Количество семинаристов было сокращено с 350 (в 1946 году) до 150 (в 1949 году). Однако весной 1949 года руководство ЛССР, было решительно настроено закрыть эту семинарию.,, Представитель CARC, по сути, одобрил это, но предложил, чтобы это было сделано не сразу, а в несколько этапов. Изначально было решено вдвое сократить количество семинаристов, то есть оставить только 75 студентов.
С лета 1948 года экономическое давление на Церковь также значительно возросло. Дома священников, дома престарелых и другие жилые здания, которые до тех пор еще не были национализированы, были конфискованы. Более того, священники должны были платить прогрессивные налоги за выполняемые религиозные услуги. Окружные налоговые службы, не доверяя декларациям о доходах, представляемым священниками, обычно в одностороннем порядке взимали неоправданно большие налоги. Тариф на электроэнергию, используемую в молитвенных домах, был установлен в несколько раз выше.