27 февраля 1953 года Снечкус получил специальную справку о продуктах питания и лекарствах, которые предположительно были отравлены евреями. В результате врач Леонас Коганас был арестован (в 1940 году он был министром здравоохранения). Его обвинили в поддержании контактов с известными профессорами медицины Плетневым и Шерешевским, арестованными в Москве за «пагубное обращение» с партийными и советскими работниками. В феврале 1953 года Викторас Мицеломашерис, заместитель министра Министерства здравоохранения, был уволен из-за своих связей с Западом и антисоветских выступлений. Аналогичные обвинения были выдвинуты против других врачей-евреев, таких как Абраомас Аршас, Георгиюс Ивантерас и Казимирас Люксембургас; против литовцев, таких как Пранас Лазутка, заместитель министра здравоохранения Литовской ССР, Витаутас Гирдзияускас, бывший народный комиссар ЛССР (1940-1945) и другие. Константинас Лопата, врач караимской национальности, подозревался в детоубийстве, «потому что с 1949 по 1952 год уровень детской смертности был очень высоким». Тайное МГБ подозревало, что в 1947 году врачи способствовали ранней смерти писателя Петраса Цвирки (сотрудники службы безопасности связали смерть Цвиркаса с ранней смертью Андрея Жданова в 1948 году); врачей также обвиняли в высокой детской смертности в Каунасской республиканской больнице.
Дело врачей имело серьезные моральные и психологические последствия для литовских евреев. Однако антисемитизм в советской Литве был не таким сильным, как в Москве и Ленинграде. После смерти Сталина евреи больше не подвергались преследованиям, хотя позже, из-за увеличения еврейской эмиграции, евреи были лишены возможности карьерного роста и занятия определенных должностей, их культурная деятельность была ограничена и т.д.
Положение религиозных общин
Во время войны с Германией приоритеты политики советского режима в отношении религиозных организаций изменились. Когда стало ясно, что, несмотря на радикальные ограничения религиозной деятельности, религиозные организации сохранили свой огромный социальный статус, планы открытого преследования религии и ликвидации религии за короткий период времени были оставлены. Основное внимание было сосредоточено на обеспечении контроля за деятельностью религиозных учреждений, недопущении выхода за границы богослужебных практик, и их поддержке внутренней и внешней политики, проводимой правительством. С этой целью в 1943-1944 годах при Совете народных комиссаров СССР были созданы новые институты контроля за религиозной жизнью: Совет по делам Русской православной церкви (CAROC) и Совет по делам религиозных культов (CARC). После того, как советская армия повторно оккупировала Литву, в Литве были назначены представители CAROC и CARC, которые должны были координировать на месте политику советского правительства в отношении религиозных организаций. Появление этих учреждений показало не только прагматическую цель режима, контролирующего религиозные учреждения, использовать их как средство укрепления режима, но и продемонстрировало исключительное положение Православной Церкви среди других религиозных конфессий.