Уже 19 июня началась нейтрализация армии с отставкой полковника Дж. Пранас Саладжиус с поста командующего Союзом стрелков Литвы, полковника. Антанас Гаусас с должности командира девятого пехотного полка, лейтенант. Полковник. Петрас Кирлис освобожден от должности начальника Второго отдела Управления разведки и контрразведки объединенного штаба сухопутных войск. Начиная с 25 июня увольнения в запас и переводы на другие должности стали массовыми. Это началось с высших командиров, но вскоре распространилось на нижестоящие звания. Перед началом ликвидации литовской армии 188 офицеров были вынуждены уйти в отставку, а 26 из них по требованию Владимира Деканозова и Николая Позднякова были арестованы. В конце июня и в июле почти все лица, занимавшие должности командиров и начальников штабов дивизий, полков, корпусов и батальонов, были вынуждены уйти в отставку или переведены на другие должности.
3 июля 1940 года был принят закон о реорганизации литовской армии. В нем совершенно очевидно подчеркивалось, что литовская армия реорганизована по примеру Красной Армии и носит название «Литовская народная армия». Были введены должности политических руководителей, а также отдел пропаганды в армии, в то время как солдатам разрешалось участвовать в политической деятельности в свободное время. Должности политических руководителей постепенно вводились с 4 июля. За короткий промежуток времени было назначено 306 политических начальников, которые были обязаны контролировать действия командиров и внедрять коммунистические идеи в армию. Таким образом, Коммунистическая партия взяла на себя политический контроль над армией.
Советские военные стремились занять командные должности в литовской армии. По этой причине Феликсас Балтушис Жемайтис, занимавший высокопоставленный пост в Красной Армии, был назначен 12 июля на должность командующего Литовской народной армией (он получил звание бригадного генерала), в то время как днем ранее заместитель начальника политического отдела Орловского пехотного училища, проживающий в России с 1915 года, Йонас Мацияускас был назначен политическим руководителем Народной армии. Дивизионный генерал Винкас Виткаускас остался на посту министра обороны, но его полномочия были строго ограничены. Приказ армии действителен только в том случае, если он подписан министром обороны, командующим вооруженными силами и политическим руководителем армии. Все основные вопросы, связанные с политикой, реорганизацией армии, назначениями, увольнениями и переводами офицеров, решались министром обороны и командующим сухопутными войсками совместно с политическим руководителем сухопутных войск. Два из них были отправлены из Москвы, что, по сути, означало, что советские солдаты взяли под контроль литовскую армию.
Аресты в армии начались 18 июля. В тот день были арестованы начальники Второго отдела (разведка и контрразведка) Управления объединенного штаба армии: полковник Дж. Костас Далкснис, начальник департамента, а также его заместитель, лейтенант. Полковник. Юозас Матусайтис и Петрас Кирлис, глава отдела разведки и контрразведки.
Их быстро отправили в московские тюрьмы, допросили, а позже убили. Антанас Снечкус, бывший секретарь подпольной Коммунистической партии Литвы, ставший директором Департамента государственной безопасности Литвы, использовал свое влияние для ареста бывших военных комендантов, полковников. Vladas Braziulis (Braziulevicius), Col. Pranas Saladzius, Lieut. Полковник. Йонас Буженас, и бригадный генерал военного прокурора Эмилис Вимерис. В ночь с 23 на 24 июля в военном учебном лагере в Швенченеляе были арестованы 24 рядовых солдата, сержанта и прапорщика, а также восемь офицеров Девятого пехотного полка. Они были арестованы за то, что на митингах, организованных Советами, отказались голосовать за присоединение Литвы к СССР. Поскольку большинство солдат полка выступали против включения Литвы в состав СССР, полк был немедленно реорганизован путем перевода двух своих батальонов в другие полки и включения в свои ряды некоторых батальонов из других полков. Это действие продемонстрировало, что даже малейшее несогласие будет сурово наказываться. За время существования Народной армии до конца августа было арестовано 26 офицеров и 40-50 солдат и сержантов досоветской армии. Остается неизвестным, сколько отставных офицеров было арестовано, но эта цифра могла составлять около 50-60 человек.
Народы Seimas