Между 1961 и 1965 годами официально не печаталось никаких религиозных изданий. Это способствовало появлению нелегальной религиозной литературы; священники писали рукописи такого рода, единомышленники читали, а монахини распространяли их. Так была сформирована система производства и распространения религиозной прессы, которая получила особенно широкое распространение в последующие десятилетия. Второй Ватиканский собор стимулировал деятельность Церкви. Это дало богословскую и моральную основу католическому движению за права человека, укрепило позицию Церкви в отношении свободы вероисповедания, положило начало реформе Церкви и, таким образом, активизировало деятельность церковной иерархии, а также дало импульс для борьбы с атеизмом.
«Усиление сопротивления Церкви было связано с тайными собраниями священников, которые начали организовываться в 1965 и 1966 годах. На собрания были приглашены священники из разных епархий, разделявшие общие идеи и имевшие одинаковое мнение о советской системе. Позже на собраниях присутствовали священники одной епархии. Наиболее активными были такие священники, как Пранас Рачюнас, Альфонсас Сваринскас, Юозас Здебскис из епархии Вилкавишкиса и их неофициальный лидер Сигитас Тамкявичюс. Священники Паневежисской епархии встретились в доме преподобного. Йонас Лауриунас и жители Вильнюса — в доме преподобного. Algimantas Keina. В ходе встреч участники развивали идею неповиновения приказам советского правительства, противоречащим каноническому праву, катехизации детей, организации процессий, участия в церковных праздниках и написания писем должностным лицам с требованиями. Священники из Тельшяйской епархии, Владас Шлевас (7 августа 1968 г.) и Альфонсас Придоткас, написали письма в Совет Министров СССР с требованием не вмешиваться в деятельность Каунасской семинарии и Церкви. Позже их поддержала группа священников из Вилкавишкиса. Так зародилась практика написания писем, деклараций и петиций и отправки их в различные инстанции. Особенно важной была петиция 1972 года к Леониду Брежневу относительно незаконных ограничений деятельности католической церкви; ее подписали 17 000 литовских католиков. В 1973 году более 14 000 верующих подписали требование о свободе вероисповедания, а более 16 000 католиков — декларацию с требованием печатать религиозную литературу. В 1968-1974 годах литовские священники подготовили 21 коллективную петицию. Это было первое публичное и очень широко распространенное движение в Литве. Его отличительной особенностью было то, что участники движения использовали легальные формы деятельности, не противоречащие советским законам, но подписи собирались тайно. Репрессивные структуры изымали декларации и листы с подписями.
Другой формой церковного сопротивления было игнорирование запрета советского правительства на катехизацию детей. Большинство прилежных священников проигнорировали этот запрет, включая преподобного Юозаса Здебскиса, которого судили за это в 1964 году. В 1970 и 1971 годах Откр. Проспераса Бубниса и Антанаса Шешкявичюса судили за катехизацию, а Здебскиса снова признали виновным. Суды вызвали протесты верующих в Литве, новости о протестах достигли Запада. Это уже было пренебрежением советскими законами, открытой конфронтацией с системой.
Деятельность организации «Евхаристиос бичюлю саюдис» (EBS) (Движение друзей евхаристии), созданной в 1969 году, была неотделима от католического образования. Молодежные встречи прошли в Каунасе, Вильнюсе и Вилкавишкисе. Здебскис руководил собраниями в Шлавантае, Тамкявичюс организовывал ретриты в Кибартае, Сваринскас — религиозные вечерние собрания в Видукле. В дополнение к религиозным мероприятиям проводились беседы на патриотические темы и чтения. Эти мероприятия помогли сформировать группу храбро действующих верующих. Движение «Друзья Евхаристии», основанное и возглавляемое сестрой Гема Станелите посвятила несколько лет изучению Священного Писания, истории Церкви и философии религии, а также личностному развитию. Позже молодые члены EBS внесли свой вклад в организацию религиозных паломничеств в Шилуву и Холм Крестов, активно участвовали в политических судебных процессах, пытаясь попасть в залы судебных заседаний, настаивая на соблюдении Конституции Литовской ССР, собирали подписи под петициями, протестами и т.д. Сотрудники КГБ, часто с помощью милиции, удаляли молодых людей из помещений суда, преследовали их на рабочих местах или в учебных заведениях, иногда даже применяя прямое насилие, но это только еще больше побуждало молодых людей сопротивляться и вести себя активно. По оценкам КГБ, в конце 1970-х в Литве насчитывалось около 20 000 католических активистов.