Создание нелегальной подпольной семинарии в период с 1970 по 1972 год и тайная подготовка священников были полной конфронтацией с советским режимом. Нехватка священников росла, правительство ограничило прием в семинарию (это препятствовало поступлению молодых людей, которые чувствовали призвание к священству) и регулировало жизнь семинарии. Подпольная семинария действовала до 1988/1989 годов, и за эти годы 27 человек были рукоположены в священники. Иезуитский и Марианский ордена организовали семинарию и тайное обучение. Вацловас Алиулис, Йонас Данила, Jonas Лауриунас, Пранас Рачюнас и Антанас Шешкявичюс руководили семинарией и проводили обучение. Альбинас Дельтува и Каролис Гарукас преподавали различные предметы. Основой учебной программы была программа Каунасского семинара}', но обучение проводилось децентрализованно, то есть студенты обучались там, где работал преподаватель определенной дисциплины. Семинария готовила священников не только для Литвы, но и для Беларуси и Украины. Епископы Юлионас Степонавичюс и Винцентас Сладкявичюс поддерживали семинарию и проводили рукоположения. Аушвидас Баликас, Йонас Борута, Кестутис Брилиус, Петрас Каваляускас, Альфонсас Меркис, Альгирдас Палиокас и Юлиус Саснаускас были среди тех, кто закончил программу подпольной семинарии и стал священниками. Выпускники не могли получить свидетельства о регистрации, поэтому они выполняли миссионерские функции, совершали таинства для католиков за пределами Литвы и обучали детей. Нелегальная семинария нарушала требования советской системы; деятельность ее выпускников, которые незаконно занимались пастырским творчеством, была выражением сопротивления Церкви системе. Активное сопротивление литовской католической церкви окончательно сформировалось в 1972 году с началом публикации «Летувос Каталику Бажничиос Кроника» («Хроника католической церкви Литвы», LKBK). Это было началом публикации секретных нелегальных периодических изданий, выходивших в 1970-х годах. Появление подпольного католического издания было обусловлено несколькими причинами: необходимостью информировать общественность о реальном, а не декларируемом советами положении Церкви; предоставлять Ватикану и западным странам информацию о внутреннем положении Литвы; разоблачать советскую пропаганду о положении верующих в стране и бороться с атеизмом; осудить священников, сотрудничавших с советскими властями. Судебные процессы над священниками поощряли выпуск LKBK, когда не было других средств защитить их, кроме печатного слова.