Члены Секретариата ЦК ЛКП, в первую очередь Ицикас Мескупас и Хаимас Айженас, помогали группе Деканозова подбирать людей для правительственных учреждений и министерств и заменять государственных чиновников Литвы коммунистами и другими администраторами, которые пользовались политическим доверием оккупационных сил. К середине июля 1940 года в правительстве и административных учреждениях Литвы работало почти 400 коммунистов. Руководящий аппарат Литвы начал превращаться в большевистский аппарат. Деканозов поручил коммунистам Литвы организовать избирательную кампанию в Народный сейм. Путем убеждения и психологического давления они вынудили членов Народного сейма выполнить волю иностранного государства: отменить независимость Литвы и разрушить конституционный строй Литовской Республики.
Москва стремилась увеличить ряды сторонников оккупационного режима. Для этого они призвали руководство LCP расширить партию. В июле 1940 года прием новых членов в LCP был ускорен, а условия приема были упрощены. В июле Палецкис, министры Повилас Пакарклис, Матас Мицкис, главнокомандующий дивизией Литовской армии генерал Винкас Виткаускас и другие политики, далеко не коммунистически ориентированные, подписали заявления о приеме в Коммунистическую партию. За июнь-сентябрь число членов ЛКП выросло в 4,25 раза. В октябре 1940 года в ЛКП насчитывалось уже 5365 коммунистов. Литовцы составляли 68% членов партии, евреи — 16% (евреи составляли одну из самых больших частей [31%] членов партии в Каунасе), русские — 12% и т.д.
Начиная с лета 1940 года Коммунистическая партия Литвы фактически действовала как региональная организация AUCPIB], хотя формально это было не так. Для того, чтобы сделать ЛКП частью советской политической системы, 8 октября 1940 года Политическое бюро (Политбюро) Центрального комитета ВКП(Б) ЦК) приняло Коммунистические партии Литвы, Латвии и Эстонии в состав ВКП(Б), Коммунистическая партия Литвы (большевиков) (ЛКП[Б]) не могла самостоятельно решать какие-либо политические, организационные, кадровые и другие вопросы, подчинялась AUCPIB] лидерство и полная зависимость от него.
Оккупационные власти поощряли коммунистов Литвы к быстрому расширению LCPIB], формированию ее структур, руководящих органов и аппарата таким образом, чтобы она охватывала все сферы жизни, менялась и контролировала их в соответствии с советской моделью. 21 сентября 1940 года Политбюро ЦК ВКП (Б) сформировало Бюро Центрального комитета LCPIB — высшего оперативного руководящего органа коммунистической организации Литвы. В него вошли первый секретарь Антанас Снечкус, Второй секретарь Исикас Мескупас, Третий секретарь Казис Прейкшас и члены: председатель Президиума Временного Верховного Совета Литовской Советской Социалистической Республики Юстас Палецкис, председатель Совета народных комиссаров (КПК) Мечисловас Гедвилас, народный комиссар внутренних дел Александрас Гузявичюс и начальник организационно-инструкторского отдела ЦК ВКП(Б) Даниил Шупиков. Вместе с официально назначенными членами Бюро на его заседаниях присутствовал Николай Поздняков. Формально он не был членом Бюро, но имел решающий голос и фактически был его главой. Председатели временных исполнительных комитетов, начальники или заместители начальников подразделений Народного комиссариата внутренних дел (НКВД) автоматически назначались членами комитетов территориальных (городских и районных) партийных организаций. Таким образом, было объединено руководство трех наиболее важных местных административных учреждений (партийных комитетов, временных исполнительных комитетов и органов НКВД).
Формирование структуры региональной коммунистической организации Литвы было завершено в феврале 1941 года на 5-м съезде LCPIB]. 5-9 февраля 1941 года был сформирован Центральный комитет LCPIB], состоящий из 47 членов и 16 кандидатов. Она состояла преимущественно из представителей политически доверенной бюрократии (номенклатуры) захватчиков и силовых структур. LCPIB] Члены ЦК составляли даже 84% номенклатурного состава. 1-й пленум ЦК ВКП ( Б), который состоялся 9 февраля, утвердил состав Бюро LCPIB] ЦК, в котором, помимо упомянутых выше лиц, были также секретарь штаба Николай Гридин, секретарь Каунасской городской партийной организации (крупнейшей в Литве) Юозас Григалавичюс, заместитель Наркомата НКВД Петр Гладков и представитель командования армии, дислоцированной на территории Литвы Василий Морозов. Представитель ЦК ВКП(б) и КПК СССР Поздняков присутствовал на заседаниях Бюро, как и ранее, и вместе с Гридиным курировал его деятельность.
В октябре 1940 года в ЦК ВКП (Б) были сформированы следующие подразделения: Организации инструкторов, персонала, агитации и пропаганды, Школьный, сельскохозяйственный, промышленный и транспортный отделы, Специальный, финансовый и экономический секторы. Низшие партийные организации скопировали структуру и функции структурных подразделений Центрального комитета LCP [B].