5-й съезд ВКП (б) 5-9 февраля 1941 года постановил расширить чистку рядов государственных чиновников. Весной 1941 года коммунисты начали кампанию кадровой чистки, начав с тех народных комиссариатов, которые казались им «катастрофически зараженными»: юстиции, финансов и торговли. Руководство LCP [B] обвинило руководителей этих учреждений в невыполнении кадровой политики партии и уволило тех, кто не заменил бывших государственных чиновников Литовской Республики коммунистами. В апреле-июне 1941 года Бюро ЦК ВКП(б) уволило народного комиссара финансов Тадаса Залескиса, народного комиссара финансов Юозаса Вайшнораса и народного комиссара юстиции Кястутиса Домашявичюса. По сути, судьба народного комиссара юстиции Повиласа Пакарклиса также была предопределена. В апреле были уволены глава Управления по делам искусств при КПК ЛССР Петрас Юоделис и заместитель председателя Комитета по планированию Дзидас Будрис, работающий в этом направлении. Всего за время первой советской оккупации из было уволено не менее 2400 государственных служащих ЛССР административных учреждения по политическим и социальным причинам. Руководство LCP [B] часто просило прислать администраторов из Советского Союза в Литву. К июню 1941 г. LCPIB] в различных административных учреждениях работало 2184 коммуниста, почти столько же, сколько государственных чиновников Литвы, уволенных из административных учреждений ЛССР. Эти коммунисты составляли ядро советской бюрократии и были основным источником кандидатов на замещение должностей в номенклатурной системе. В сентябре 1940 года система номенклатуры — отбор лидеров по их верности Коммунистической партии, их назначение на должности и политический контроль — была перенесена в Литву. Для заполнения номенклатурных должностей требовалось около 3700 человек, лояльных коммунистам. К июню 1941 года LCP [B] отобрала и назначила около 2000 человек на высшие и исполнительные должности. Руководящие должности в основном занимали коммунисты. К январю 1941 года 1412 коммунистов были наняты в качестве высокопоставленных должностных лиц в ЛССР административные учреждения. В то время в коммунистической партии, комсомоле и административных учреждениях работали 2064 коммуниста и 574 комсомольца, в общей сложности 2638 человек. Коммунистические администраторы составляли довольно небольшую часть литовской советской бюрократии, но они занимали высокие посты в бюрократической иерархии и, следовательно, составляли наиболее политически влиятельный слой администраторов, которые в глазах общества по праву олицетворяли оккупационную власть.
Политическая реструктуризация
Осенью 1940 года, после изменения юго-восточной границы страны, территория Литовской ССР расширилась: большинство литовских территорий, которые в 1920-1939 годах были оккупированы и контролировались Польшей, а осенью 1939 года, после оккупации их Красной Армией, были присоединены к Советскому Союзу и переданы в управление Белорусской ССР, были возвращены Литве. Согласно указу Президиума Верховного Совета СССР от 6 ноября, литовские населенные пункты Адутишкис, Даугелишкис, Дивенишкес, Друскининкай, Марцинконис, Мелагенай, Ратничия, Рудня, Швенчионис и Тверечюс отошли к Литве общей площадью 2647 км2
с населением 82 000 человек.