Стремясь существенно изменить состав коммунистов Литвы и сделать его похожим на состав AUCP [B], в ноябре 1940 года была начата кампания по выдаче AUCPIB] членских билетов коммунистам Литвы, и фактически это была чистка рядов LCP | B]. Ко 2 июня 1941 года из партии были исключены 1109 человек (20% членов), в том числе 300 коммунистов-подпольщиков. Те члены, которые были сочтены руководством AUCP ([B]) враждебными и политически ненадежными из-за их социального происхождения и статуса, мировоззрения, политической деятельности и других обстоятельств, были исключены. После исключения неподходящих людей из LCP [B |] осталась социально и идеологически однородная коммунистическая организация, которая была более послушной, более дисциплинированной и легко контролировалась партийным руководством.
В начале 1941 года в LCP [B] состояло 2653 члена. Более половины членов принадлежали к советской бюрократии. Многие члены были из репрессивных структур. Из всех коммунистов 19,5% (485 членов партии) работали в системе НКВД ЛССР. Литовская коммунистическая организация состояла преимущественно из людей с начальным образованием или вообще без образования (86,7% всех коммунистов). После кампании зачистки национальный состав коммунистов сильно изменился. Количество литовских и еврейских коммунистов сократилось. Литовцы составляли 63%, а евреи — 16% членов партии. Российские и белорусские коммунисты, приехавшие в Литву из СССР, значительно пополнили ряды LCP ([B]) (в июне 1941 года они составляли 40% членов партии). Благодаря этой тенденции LCP [B] постепенно становилась коммунистической организацией для коммунистов, приехавших из других стран, а не для местных жителей. На протяжении 1941 года число местных коммунистов в Коммунистической партии быстро сокращалось, в то время как число членов партии из СССР, особенно русских, увеличивалось. За шесть месяцев 1941 года число литовских коммунистов сократилось до 46%, евреев — до 12%, в то время как количество русских увеличилось в четыре раза. Особенно это было верно в Каунасе и Вильнюсе. В Каунасе русские составляли половину членов городской коммунистической организации, литовцы — всего 21%, а евреи — почти 26%. В Вильнюсе количество литовцев и евреев в партии было еще меньше: около 11% представителей каждой национальности, в то время как русские составляли 77% всех коммунистов. Кстати, в коммунистической организации Вильнюса не было ни одного польского коммуниста. По мере усиления этой тенденции русскоязычные затмили местных коммунистов других национальностей.
Русификация и чистка административного аппарата. Номенклатура
После присоединения Литвы к Советскому Союзу Коммунистическая партия начала внедрять сталинскую модель национальных отношений и реализовывать свою национальную политику. Механизм политического контроля местной администрации, характерный для всех советских республик, был передан Литве. Учреждениями ЛССР фактически управляли и контролировали представители СССР: ВКП (Б) ЦК и представитель СССР в Литве Н. Поздняков (он покинул Литву в 1941 году, и его функции были переданы секретарю аппарата ЦК ЛКП [Б] Н. Гридину) и другие преимущественно граждане России, направленные ЦК ВКП [Б] в Литву и нанятые органами Коммунистической партии и административными учреждениями. Например, из 47 членов ЦК ВКП(Б) 18 были выходцами из СССР, из 11 членов Бюро ЦК ВКП(Б) 4 были русскими из СССР, из 56 секретарей ВКП(Б) в городах и районах 39 были присланы из СССР. Из 18 народных комиссаров 7 были выходцами из СССР (2 из них были русскими), из 31 заместителя народного комиссара 17 были неместными (15 из них были русскими). В бюрократической иерархии ЛССР они были вторыми в команде, однако фактически обладали властью. Эти люди руководили работой властей и контролировали работу литовских бюрократов.
Стремясь создать надежный административный аппарат ЛССР, руководство AUCPIB] ускорило миграцию русских из СССР в Литву, поощряя их трудоустройство в различных учреждениях, особенно административных. К июню 1941 года не менее 1695 коммунистов из СССР прибыли на партийную и административную работу в Литву (в дополнение к Советской Армии, дислоцированной в Литве, и коммунистам, работавшим в репрессивных органах). Во время первой советской оккупации русские и люди других национальностей, приехавшие из СССР, полностью доминировали в Репрессивные органы ЛССР: более 80% сотрудников Народного комиссариата внутренних дел и около 75% сотрудников Народного комиссариата государственной безопасности не были местными жителями. Под прикрытием лозунгов пролетарского интернационализма и социалистического патриотизма русский язык, культура и образ жизни проникли в административный сектор ЛССР вместе с советской российской бюрократией.