Однако все культурные и образовательные учреждения, писатели, художники и ученые должны были продвигать советскую идеологию, основанную на положениях ненависти к «классовому врагу буржуазии», восхвалении «пролетарского интернационализма» (фактически превознося коммунистическую Россию) и презрении к «прогнившему старому миру» (Западу), идеологии, в которой не было места местным этническим и религиозным ценностям. Когда ученики вернулись в свои школы после летних каникул в 1940 году, они не обнаружили герба Литвы (Витис), распятия или портретов таких литовских национальных деятелей, как Йонас Басанавичюс и Винкас Кудирка украшали стены в школах, вместо этого там были портреты Ленина и Сталина. В новых школьных программах религия исчезла, ее заменили уроки русского языка, истории и литературы Советского Союза (фактически России) и Конституции СССР. В отсутствие новых учебников было временно разрешено использовать старые, но только после вырезания из них «неподходящих» страниц. Комсомольская и пионерская организации заменили католическую молодежную организацию (атейтининкай) и скаутов в школах. Учителей также пришлось «перевоспитывать», изучая после школьных занятий, то есть читая и догматически комментируя «Библию» русского большевизма — «Краткий курс истории AUCPIB]», очень быстро опубликованный на литовском языке. Курсы политической экономии и марксизма-ленинизма стали обязательными в высших учебных заведениях. Эти курсы проводили преподаватели, присланные из СССР, с помощью переводчиков. Деятельность педагогического состава контролировалась так называемыми комсоргами (комсомольскими организаторами), которые были введены не только в высших учебных заведениях, но и в средних школах.
Коммунистическая партия ввела очень жесткий идеологический контроль над прессой и литературой. Издание газет и журналов регулировалось постановлением ЦК ЛКП от 11 сентября 1940 года «О периодических изданиях», согласно которому новые публикации могли выпускаться только с согласия ЦК ЛКП, в то время как редакторы всех периодических изданий также могли назначаться только ЦК ЛКП. В 1938 году в Литве (исключая Вильнюсский регион) было 159 газет и журналов, весной 1941 года их было всего 34 (включая Вильнюсский регион).
Упомянутым постановлением ЦК КПК при КПК было создано Центральное управление литературы, то есть Главлит; на Главлит было возложено очень ответственное задание по цензуре всех публикаций и изъятию всей литературы, политически и идеологически неподходящей режиму, из всех библиотек и книжных магазинов. Главой этого нового учреждения был Василий Проценко, присланный из Москвы, его заместителем был Анатолиюс Сприндис, «импортный» литовец, и Борис Гурвич были парторгом (секретарем организации коммунистической партии), коммунистом-подпольщиком, который четыре раза сидел в тюрьме. Наряду с книгами «антикоммунистического, религиозного и сомнительного содержания» часто уничтожались произведения таких авторов, как Бернардас Бразджионис, Чарльз Диккенс, Редьярд Киплинг, Лаздину Пеледа, Майронис, Элиза Ожешкова, Фридрих Шиллер, Хенрик Сенкевич, Шатриос Рагана, Мотиеюс Валанчюс, Антанас Венуолис и другие. В список запрещенных публикаций вошли периодические издания и учебники истории независимой Литвы. Только из национализированных издательств в Каунасе на уничтожение было отправлено 424 000 изданий. Своим постановлением от 28 мая 1941 года ВКП (Б) ЦК приказал Народному комиссариату просвещения и Главлиту создать специальное хранилище (рус. спецхран). В 1940-1941 годах многие религиозные произведения искусства в музеях были уничтожены. некоторые национализированные художественные ценности из усадеб были изъяты музеями, но многие антикварные предметы мебели, картины и ковры были разграблены офицерами Красной Армии и агентами советской службы безопасности и вывезены в Россию. Офицеры и солдаты Красной Армии, местные комсомольцы и активисты повредили и уничтожили придорожные святыни (коплицтульпис), статуи святых, часовни и другие предметы искусства. 21 мая 1941 года Бюро LCP [B| CC приняло решение убрать скульптуры генерала Сильвестрас Жукаускас, Главнокомандующий литовской армией и участник борьбы за независимость Владас Путвинскис, основатель Союза стрелков Литвы Антанас Юозапавичюс, армейский офицер и одна из первых жертв борьбы за независимость, и рядовой Повилас Лукшис, из сада Военного музея в Каунасе и за установку памятника Ленину в Вильнюсе.